Doktorand i systematisk biologi

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå. För mer information se Institutionen för organismbiologi - Uppsala universitet.

Projektbeskrivning

ERC-finansierat projekt: Endosymbios och ursprunget till de fotosyntetiska organellerna i eukaryoter

Tjänsten är kopplad till ett pågående projekt i Burki-laboratoriet för att karakterisera en marin endosymbios i det mikrobiella eukaryot-släktet Meringosphaera. Dessa är intressanta encelliga eukaryoter som är globalt utbredda i haven och sannolikt representerar ett flerartskomplex som kan inkludera arter med permanenta fotosyntetiska organeller (plastider), andra som bara stjäl plastider från byten, och ytterligare andra som inte är fotosyntetiska. Det övergripande målet med detta fullfinansierade fyraåriga doktorandprojekt är att lösa de modifieringar som har inträffat tidigt under plastidendosymbiosen i Meringosphaera på olika biologiska nivåer, med hjälp av avancerade subcellulära avbildningstekniker (såsom U-ExM, FIB-SEM och HISH-SIMS), molekylära metoder (såsom encelliga transkriptomik) och flow cytometry cellsortering. Tjänsten är baserad i Fabien Burkis laboratorium vid IOB vid Uppsala universitet, men inkluderar ett starkt samarbete med Omaya Dudins laboratorier vid Genèves universitet (Schweiz) och Filip Husniks laboratorier vid OIST (Okinawa, Japan).

Arbetsuppgifter

Projektet omfattar både laborationer och bioinformatik, och studenten förväntas vara involverad i båda aspekterna. Labarbetet inkluderar: fältstudier och provtagning, cellisolering, avbildning med avancerad mikroskopi, försök till odling av intressanta celler i anrikningskulturer, flow cytometry och encellssekvensering. Bioinformatik inkluderar analys av diversitetsdataset, fylogenetik, analys av transkriptomiska dataset, jämförande och funktionell genomik. Sprida resultat i lämpliga format, inklusive ledande vetenskapligt granskade publikationer och konferenser. Utbildning kommer att tillhandahållas vid behov.

Kvalifikationskrav

Avklarad universitetsutbildning med minst 240 högskolepoäng (hp), varav 60 hp på avancerad nivå, motsvarande mastersnivå inom områden som är relevanta för detta projekt. Den utvalda kandidaten ska ha expertis och kunskap inom mikrobiell provtagning samt identifiering och hantering av protistceller. Erfarenhet av odling av mikrobiella eukaryoter, och en bakgrund inom eukaryot mångfald och fotosymbios kommer att ses som mycket värdefullt. En uppsättning metoder kommer att användas enligt beskrivningen i projektbeskrivningen och är alla önskvärda egenskaper hos kandidaten. I synnerhet kommer tidigare erfarenhet av cellsortering, volym- och expansionsmikroskopi, samt allmänna principer för fluorescensmikroskopi, att efterfrågas hos kandidater. Bevisad expertis inom bioinformatik (t.ex. fylogeni, genomik) och användning av ett skriptspråk (Python, R) är avgörande. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper såsom planerings- och organisationsförmåga, problemlösningsförmåga samt goda samarbeten och kommunikationsförmåga med andra forskare. Framför allt söker vi mycket motiverade kandidater som brinner för akademisk forskning. Den sökande måste ha dokumenterad erfarenhet och skicklighet i muntliga och skriftliga presentationer på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Universitetet har för avsikt att rekrytera den person som, utifrån en sammanvägd bedömning av kompetens, färdigheter och dokumenterade kvalifikationer, bedöms som lämpligast att bedriva projektet samt bidra till en positiv utveckling av avdelningen.

Anställningen

Anställningen är fyra år och personen kommer huvudsakligen att ägna sig åt sin egen forskning med undervisning eller annan institutionstjänstgöring upp till 20 procent. Sökanden måste vara berättigad till doktorsexamen vid Uppsala universitet. Information om forskarutbildning finns på webbplatsen för Naturvetenskapliga fakulteten, Doktorand - Uppsala universitet

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer Mål och regler - Uppsala universitet.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Startdatum 2026-02-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Ansökan ska innehålla:

1) Personligt brev som beskriver:

• Dig själv
• Dina forskningsintressen
• Varför du är intresserad av tjänsten
• Vilka av dina erfarenheter och kunskaper tycker du är mest relevanta för det här arbetet?
• Vilka av dina personliga förmågor (beteenden, färdigheter) skulle du vilja lyfta fram som kan passa bra i den här anställningen?

2) CV

3) namn och kontaktinformation (adress, mejl och telefonnummer) till minst två referenspersoner

4) relevanta publikationer (inklusive masteruppsatsen). Ansökan måste vara skriven på engelska.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Dr. Fabien Burki; fabien.burki@ebc.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 10 december, UFV-PA 2025/349.