Doktorandplats i beräkningsgenomik

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet erbjuder en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Forskningen vid IMBIM spänner över områden som jämförande och evolutionär genomik, funktionell genomik, biokemi, cell- och molekylärbiologi, immunologi och mikrobiologi. Forskningen är grundläggande men har relevans och tillämpning inom hälsa och sjukdom hos både djur och människor. Mer information: Forskning - Uppsala universitet 

Vi söker en mycket motiverad doktorand till projektet “Adaptation Genomics in the Ocean: Predicting Functional Variation in Marine Life with Machine Learning”, lett av Andreas Wallberg (huvudhandledare; finansierad av Vetenskapsrådet) och Leif Andersson (bihandledare; finansierad av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse). Doktoranden bör ha ett starkt intresse för evolutionär genomik och kommer att vara placerad vid Biomedicinskt Centrum, Uppsala, Sverige.

Projektbeskrivning
Att förutsäga hur genetisk variation ger upphov till adaptiva egenskaper är en central utmaning inom biologin. Maskininlärning (ML) revolutionerar nu vår förmåga att möta denna utmaning genom att möjliggöra snabba, storskaliga förutsägelser av genfunktion och genredigering direkt från DNA-sekvenser.

I detta fyraåriga doktorandprojekt kommer kandidaten att tillämpa avancerade ML- och genomikmetoder för att förstå den genomiska grunden för ekologisk anpassning hos krill och sill – marina nyckelarter. Hos krill kommer fokus att ligga på visuell anpassning, där population- och jämförande genomik kombineras med ML-modeller för att förutsäga opsinproteiners funktionella egenskaper direkt från sekvenser. Detta möjliggör upptäckt av funktionellt viktiga mutationer mellan arter som lever i olika ljusmiljöer i haven. Det hjälper oss att förstå hur sensoriska system utvecklas i dessa arter som svar på miljögradienter, vilket är viktigt för att bedöma deras motståndskraft mot förändringar i havsmiljön. Hos sill kommer kandidaten att integrera populationsgenomik med toppmoderna ML-verktyg för att funktionellt annotera och prioritera både kodande och reglerande varianter som kan vara viktiga för anpassning i Östersjön och på andra platser. Vi kommer att utvärdera effekten av missense-mutationer i stor skala och träna djupa neurala nätverk på vävnadsspecifik ATAC-seq-data från olika vävnader (t.ex. hjärna, gälar, lever, larver) för att förutsäga reglerande aktivitet hos icke-kodande adaptiva varianter.

Tillsammans syftar dessa insatser till att bygga ett nytt och omfattande ML-drivet ramverk för att identifiera kausala varianter bakom lokal anpassning och miljökänslighet hos icke-modellorganismer som är fundamentala för marina ekosystem. Förbättrad förståelse för hur arter anpassar sig till olika miljöer är avgörande för att kunna förutse hur marint liv kommer att reagera på klimatförändringar och mänsklig påverkan under det kommande århundradet, samt för att stödja hållbar användning av marina resurser.

Arbetsuppgifter
Doktorandens huvudsakliga arbetsuppgifter är att ägna sig åt forskarutbildning, vilket inkluderar deltagande i forskningsprojekt och forskarutbildningskurser. Projektet är huvudsakligen inriktat på bioinformatik och datorbaserade analyser. Arbetsuppgifterna kan även inkludera undervisning och andra institutionella uppgifter (högst 20 % av heltid).

Behörighetskrav

För att uppfylla behörighetskraven till forskarutbildning ska du ha:

• en magisterexamen (avancerad nivå) i bioinformatik, datavetenskap, biologi, populations- eller funktionell genomik, eller liknande område, eller
  fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 hp, eller
  förvärvat motsvarande kunskaper på annat sätt
• dokumenterad erfarenhet av att använda Linux/UNIX, programmering/skriftning (t.ex. Python, Bash, Perl) samt statistiska analyser (t.ex. R)
• erfarenhet av att arbeta med nästa generations sekvenseringsdata (NGS)
• grundläggande förståelse för och intresse av biologisk mångfald och evolution
• god förmåga att uttrycka sig i tal och skrift på engelska
• stark förmåga att självständigt planera, genomföra och slutföra forskningsprojekt
• kreativitet och god samarbetsförmåga

Mer information om behörighetskraven finns här. 

Urvalet baseras på följande kriterier
Urvalet baseras på ovanstående kvalifikationer, betyg i relevanta kurser, kursernas relevans för forskningsområdet, tidigare erfarenhet av arbete och forskning inom området som beskrivs ovan. En integrerad bedömning görs för att anställa den bäst lämpade kandidaten som kan lyckas med forskarutbildningen och bidra till en positiv utveckling av forskningsprogrammet. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom analytisk förmåga, noggrannhet, flexibilitet och samarbetsförmåga.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen
Anställningen är en tidsbegränsad doktorandanställning enligt Högskoleförordningen kap. 5 § 7. Sysselsättningsgrad: 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placering: Uppsala.

För ytterligare information, kontakta Andreas Wallberg: andreas.wallberg@imbim.uu.se

Ansökan: vänligen skicka in din ansökan via Uppsala universitets ansökningsportal och bifoga: CV, ett brev som beskriver ditt forskningsintresse och dina färdigheter, kopia av magisteruppsats (eller utkast/annan teknisk eller vetenskaplig text du har skrivit), publikationer och andra relevanta dokument, kontaktuppgifter till två referenspersoner (telefonnummer och e-postadress).

Välkommen med din ansökan senast den10 september 2025, UFV-PA 2025/2422.