Doktorand i evolutionär genetik

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med personal och studenter från hela världen.  Vår forskning omfattar allt från evolutionär ekologi och genetik till studier av ekosystem. Se vidare www.ieg.uu.se.

En doktorandtjänst inom evolutionär genomik, med särskilt fokus på biologi och evolution av lavars fotobionter, finns nu tillgänglig inom programmet för evolutionsbiologi vid IEG.

Projektbeskrivning
Lavar, symbiotiska organismer som består av svampar, fotobionter (algpartners) och bakterier, spelar en avgörande roll i ekosystemens funktion, särskilt i kalla miljöer, och bidrar betydligt till biogeokemiska kretslopp och trofiska interaktioner. Trots detta är lavar dåligt förstådda, och många aspekter av deras biologi och evolution återstår att upptäcka.

Doktoranden kommer att arbeta med projektet "Evolution och biologi hos lavars fotobionter" inom Ioana Onut Brännströms forskargrupp vid Institutionen för ekologi och genetik. Tjänsten är fullt finansierad i fyra år. Mer information om hennes forskning finns här: https://www.uu.se/institution/ekologi-och-genetik/forskning/evolutionsbiologi/onut-brannstroms-grupp

Detta doktorandprojekt syftar till att fördjupa vår förståelse av lavars fotobionters biologi och evolution. Högkvalitativa genomresurser kommer att anskaffas för vanliga fotobiontarter för att undersöka deras genomiska egenskaper och fylogenetiska relationer. För att utforska hur fotobionter förvärvas och överförs kommer projektet att analysera den symbiotiska sammansättningen av lavar från olika geografiska områden och klimat, med en kombination av metoder som metabarcoding, metagenomik och populationsgenomik.

Under hela doktorandprogrammet kommer studenten att tillämpa ett brett spektrum av bioinformatiska metoder, inklusive fylogenomik och jämförande genomik, samtidigt som hen utför fotobiontodling och molekylärt laborationsarbete för att generera sekvensdata. Delar av projektet kommer att involvera samarbete med en annan lavforskargrupp vid IEG.

Arbetsuppgifter
I början av doktorandprojektet kommer den valda kandidaten att ansvara för att utföra molekylärt laboratoriearbete, inklusive DNA- och RNA-extraktion, förbereda prover för sekvensering med både kortläsningssekvensering (Illumina) och långläsningssekvensering (PacBio och Nanopore), samt etablera och underhålla axeniska kulturer av fotobionter. Baserat på befintliga och nygenererade sekvenser kommer doktoranden att utföra ett brett spektrum av bioinformatiska analyser för att förstå de genomiska egenskaperna och populationsstrukturen hos lavars fotobionter. I senare skeden kan projektet, om studenten önskar, även utvidgas till att inkludera experimentella studier som syftar till att förstå fotobionters anpassningsförmåga och avancerade mikroskopitekniker för att visualisera lavars symbiotiska sammansättning.

Doktorander vid IEG uppmuntras att delta i undervisning. Nivåerna och innehållet i undervisningen beror på tillgängligheten av undervisningsuppgifter och studentens intressen, men kommer generellt sett inte överstiga 20% av heltidsanställning och huvudsakligen bestå av rollen som undervisningsassistent i olika grundkurser som erbjuds av biologisektionen.

Vi förväntar oss att du aktivt deltar i de vardagliga aktiviteterna i forskargruppen och på programmet/institutionen.

Kvalifikationskrav
För att uppfylla behörighetskraven för forskarutbildning måste du
• ha en masterexamen (andra cykeln) i evolutionsbiologi, systematisk biologi eller ett närliggande område
• ha avlagt minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 poäng på masternivå inklusive ett självständigt projekt om minst 15 poäng, eller
• ha förvärvat motsvarande kunskaper på annat sätt.

Sökanden bör ha en stark förståelse för grundläggande begrepp inom evolutionsbiologi, med fokus på populationsgenomik och/eller systematik. Kunskaper i bioinformatiska analyser, särskilt metoder inom populationsgenetik, fylogenomisk analys eller jämförande genomik, är väsentliga. Erfarenhet av molekylärt laboratoriearbete är mycket önskvärt. Dessutom är starka samarbets- och interpersonella färdigheter viktiga på grund av den samarbetande karaktären hos detta doktorandprojekt.

Vi fäster stor vikt vid personliga egenskaper, såsom en passion för upptäckt, initiativförmåga, kreativt tänkande och stresstålighet. Den ideala kandidaten bör ha ett genuint intresse för vetenskaplig forskning, trivas i en samarbetsmiljö men också ta initiativ och ansvar för egna uppgifter och projekt. Vi söker en kandidat som kan hålla sig motiverad och effektiv trots bakslag och besvikelser samt kan se konstruktiv feedback som en möjlighet till utveckling. Kandidater måste kunna uttrycka sig mycket väl både muntligt och skriftligt på engelska.

Meriterande
Ytterligare färdigheter, såsom odling och underhåll av kulturer, mikroskopi och experimentellt evolutionsarbete, kommer att betraktas som meriterande.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2025-01-20 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.
https://regler.uu.se/?languageId=3

Upplysningar om anställningen lämnas av
Forskare, Gruppledare, Ioana Onut Bränntröm, ioana.brannstrom@ebc.uu.se.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV (max 2 sidor), 3) en kort beskrivning av din utbildning, 4) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer), och 6) eventuella publikationer. Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 12 december 2024. UFV-PA 2024/3977.