Doktorand i evolutionär genomik hos symbiotiska bakterier och deras värddjur

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://icm.uu.se.

Doktorandtjänsten kommer att vara placerad i Lisa Klassons forskargrupp på programmet för Molekylär evolution. https://www.icm.uu.se/molekylar-evolution/klasson-labb/

Projektbeskrivning
Projektet syftar till att studera hur symbiotiska förhållanden mellan bakterier och värddjur påverkar båda parters arvsmassa och evolution. Vårt modellsystem är den endosymbiotiska bakterien Wolbachia och olika arter av Drosophila, huvudsakligen från willistoni gruppen.

Wolbachia kallas ofta en av världens mest framgångsrika infektioner eftersom den finns i en mängd olika invertebrater och uppskattas infektera över 60 procent av alla insektsarter på jorden. Den överförs via honan direkt till avkomma och kan förekomma i både fakultativa och obligata värdinteraktioner där kan vara allt från fördelaktig till patogen för värden. Wolbachia är dock mest känd som en fakultativ infektion som påverkar värdens fortplantning för att öka de infekterade honornas fitness och därmed deras egen överföring.

I Drosophila willistoni-gruppen är de flesta arter infekterade med mycket liknande Wolbachia-stammar som varierar i sin interaktion med värden på flera sätt, till exempel genom att vara obligata eller fakultativa för värden, kunna manipulera reproduktionen eller inte och ha höga eller låga infektionsnivåer. Med hjälp av storskalig sekvensering av både Drosophila- och Wolbachia-genom och jämförande genomik är målet att ta reda på vilka genetiska faktorer hos både Wolbachia och Drosophila som bestämmer variationen i värd-symbiontinteraktionen och att klargöra de evolutionära händelser som ägde rum för att skapa den.

Arbetsuppgifter
Arbetet kommer till största del bestå av bioinformatiska analyser av sekvensdata från olika arter inom Drosophila willistoni gruppen. Det innebär t.ex. de novo assembly av sekvensdata, genomannotering, fylogenetiska analyser och jämförande genomik. Till en mindre del kan arbetet även involvera hantering av Drosophila och användande av molekylärbiologiska metoder så som DNA extraktioner och PCR.

Doktoranden ska främst ägna sig åt sin egna forskarutbildning, övrig tjänstgöring vid institutionen kan förkomma så som undervisning och administrativt arbete, dock högst upp till 20% av tjänsten. Mer information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagnings bestämmelser finns på fakultetens hemsida, http://www.teknat.uu.se/utbildning/utbildning-pa-forskarniva/

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, evolutionsbiologi, molekylärbiologi, eller annat ämne som arbetsgivaren bedömer som likvärdigt, eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Den sökande ska ha god förmåga att arbeta självständigt såväl som i grupp. Goda skriftliga och muntliga färdigheter i engelska är ett måste, då arbetet sker i en internationell miljö. Att arbeta kreativt, målinriktat och strukturerat är centrala förmågor under en doktorandutbildning och kommer därför att beaktas särskilt.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Tidigare erfarenhet av att arbeta med sekvensdata och bioinformatiska metoder, samt vana av att arbeta i Linux och förmåga att utveckla skript inom åtminstone ett programmeringsspråk såsom Python, R eller Perl är högst meriterande. Tidigare erfarenhet av standardmetoder inom molekylärbiologi och hantering av Drosophila eller andra insekter är också meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Ansökan
Din ansökan ska innehålla:

• Personligt brev där du beskriver dig själv, ditt forskningsintresse, dina erfarenheter samt varför du är intresserad av doktorandtjänsten (max 2 sidor).
• CV innehållande utbildning och andra meriter samt beskrivning av relevanta kunskaper utifrån kraven för tjänsten. 
• Vidimerade kopior på examensbevis samt kopia av ditt examensarbete. Kontaktinformation till två referenspersoner 

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Lisa Klasson, lisa.klasson@icm.uu.se tel. 018-471 6403

Välkommen med din ansökan senast den 27 maj 2024, UFV-PA UFV-PA 2024/1444.