Uppsala universitet, Institutionen för immunologi, genetik och patologi

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiolog. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se

Teknisk Systemadministratör med placering vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet, med uppdrag att utveckla och underhålla infrastruktur för bioinformatiska beräkningar, databaser och automation för faciliteten Klinisk genomik Uppsala inom Science for Life Laboratory. 

Vill du göra skillnad för patienter med genetiska sjukdomar?
Vi söker en teknisk systemadministratör för att administrera och utveckla vår IT-infrastruktur, som används vid analys för ny avancerad genetisk diagnostik för forskning och sjukvård.

Klinisk genomik Uppsala startades 2013 som ett samarbete mellan Uppsala universitet, Akademiska sjukhuset, och är en del av Science for Life Laboratory. Uppdraget är att utveckla och tillhandhålla genetiska analyser för olika former av cancer, ärftliga sjukdomar och klinisk mikrobiologi framförallt med hjälp av de senaste teknikerna för DNA-sekvensering. Många analyser implementeras direkt i klinisk verksamhet medan en del utvecklas för forskningsprojekt som ligger lite längre ifrån klinisk implementation. Arbetet utförs av multidisciplinära team med bioinformatiker, laboratoriepersonal, sjukhusgenetiker och läkare och faciliteten bidrar till kliniska bedömningar av upptäckta genetiska varianter. För närvarande analyseras över 8000 kliniska prover per år med de metoder som faciliteten tillhandahåller. 

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter
Faciliteten söker en teknisk systemadministratör på heltid för att administrera och utveckla vårt HPC kluster samt för att medverka till utvecklingen av vår infrastruktur och våra databaser. I dagsläget ligger större delen av vår IT-infrastruktur inom universitetet, men vi har även infrastruktur inom Region Uppsala. Arbetsuppgifterna inkluderar hela stacken från installation av hårdvara till konfiguration av filsystem och operativsystem, systemutveckling, övervakning och dokumentation. Arbetet kommer till stor del bestå i att vidareutveckla och underhålla robusta, säkra och väldokumenterade system för att kunna genomföra beräkningar på stora mängder sekvensdata. Det kommer även att finnas stor möjlighet att påverka utformningen av framtida beräkningsinfrastruktur. Inom ramen för tjänsten kommer den sökande även få möjlighet att arbeta med utveckling av databaser och användargränssnitt, automationslösningar samt hantering av mindre applikationer i virtualiserad miljö (främst proxmox). En särskilt viktig aspekt är datasäkerhet eftersom vi hanterar känslig data. Den anställde kommer att få tillfälle att jobba tillsammans med vår systemadministratör, bioinformatiker, sjukhusgenetiker, molekylärbiologer och läkare inom vår facilitet och om intresse finns även i nationella och internationella samarbeten. På CGU får du möjlighet att utveckla och använda dina tekniska färdigheter för att bidra till utbyggnaden av precisionsmedicin i Sverige. Det finns goda möjligheter till kompetensutveckling inom tjänsten både genom deltagande i internationella och nationella projekt och samarbeten, samt genom deltagande i konferenser, kurser och andra utbildningar.

Kvalifikationskrav
Akademisk examen inom datavetenskap, bioteknik eller liknande fält eller motsvarande kompetens som arbetsgivaren bedömer likvärdig. Vi söker en person med erfarenhet av Linuxsystemadministration, gärna med tyngdpunkt mot hantering av HPC kluster (erfarenhet av OpenHPC är meriterande), versionshantering (tex Git) och som är intresserad av implementation av bioinformatiska verktyg och analyser. Dokumenterad förmåga inom relevanta programmeringsspråk (Python, bash mfl) är ett krav. Erfarenhet av IT-arbete med höga säkerhetskrav är också meriterande. Arbetet ställer stora krav på social kompetens, samarbetsförmåga, noggrannhet och förmåga att dokumentera ditt arbete. Du behöver även ha förmåga att ta egna initiativ och arbeta självständighet. Anställningen förutsätter en god förmåga att uttrycka sig på engelska i tal och skrift. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt
Dokumenterade erfarenheter av och/eller relevant utbildning av arbete med jobbschemaläggare som Slurm; användning av containerteknik (Docker, Singularity); hantering av GPUer för beräkningar; event driven orchestration, som tex Stackstorm; informations-, nätverks- och datorsäkerhet; molnsystem eller kunskaper inom nätverksadministration är meriterande för tjänsten. Det är meriterande om du har tidigare erfarenhet av t.ex. Gitlab eller Jenkins och konfigurationsverktyg (t.ex. Ansible eller Puppet). Vi ser även gärna sökande med erfarenhet av eller intresse för Kubernetes och hybrid cloud / mutli-cloud infrastruktur.

Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift meriterande. Vidare värdesätter vi erfarenhet av arbete med utveckling av databaser med relativt stora datamängder, samt front-end utveckling.

Efter en kvalitativ helhetsbedömning av kompetens och skicklighet kommer den sökande att väljas som bedöms ha de bästa förutsättningarna att genomföra och utveckla aktuella arbetsuppgifter samt bidra till att utveckla verksamheten.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 9 juni 2023, UFV-PA 2023/2044.

Anställningsform Tillsvidareanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Enligt överenskommelse
Löneform Individuell lönesättning
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2023/2044
Facklig företrädare
  • Seko Universitetsklubben, seko@uadm.uu.se
  • ST/TCO, tco@fackorg.uu.se
  • Saco-rådet, saco@uadm.uu.se
Publicerat 2023-05-17
Sista ansökningsdag 2023-06-09

Wróć do ofert pracy