Forskare till SNP&SEQ-teknologiplattformen - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Som en del av den nationella infrastrukturen för genomik (National Genomics Infrastructure, NGI) vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab, www.scilifelab.se) erbjuder SNP&SEQ-teknologiplattformen SNP-genotypning och storskalig sekvensering (Next generation sequencing, NGS) som service åt forskare i och utanför Sverige (www.sequencing.se). Sekvenseringsinstrumenten i verksamheten inkluderar Illuminas NovaSeq, MiSeq och iSeq-system.

Vill du jobba inom ett område med mycket snabb teknologi- och applikationsutveckling? Som forskare vid SNP&SEQ-teknologiplattformen jobbar du tillsammans med andra forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer och bioinformatiker i en dynamisk och kreativ atmosfär i ett av Europas största sekvenseringscenter.

Arbetsuppgifter: Arbetet som forskare innebär att vara en länk mellan forsknings- och utvecklingsenheten (FoU) och den ackrediterade produktionsverksamheten vid SNP&SEQ-teknologiplattformen, NGI-Uppsala.

En viktig del i arbetet kommer att bestå av att tillsammans med etablerade och nya användare identifiera behov av service inom nya NGS-tillämpningar, samt att delta i utvärderingen av nya applikationer både laborativt och bioinformatiskt. Den forskare som anställs kommer att ha en viktig roll vid överföring av nya metoder till produktionsverksamheten och att informera användare om de nya metodernas möjligheter. En stor del av arbetet består av att koordinera projekt i verksamheten genom att hålla planeringsmöten för nya projekt och planera projekten tillsammans med uppdragsgivare. I arbetsuppgifterna ingår en kontinuerlig kontakt med uppdragsgivare om status i deras projekt, rapportering av resultat och fakturering.

I arbetsuppgifterna ingår omvärldsbevakning av applikationer och teknologier för NGS för att identifiera nyheter för utvärdering och etablering i verksamheten. I arbetet med att utvärdera nya metoder ingår att skriva vetenskapliga rapporter/publikationer. Undervisning förekommer vid utbildnings- och marknadsföringsaktiviteter med syfte att presentera verksamhetens arbete. Även vetenskapliga presentationer på konferenser och seminarier på svenska och engelska ingår.

Kvalifikationskrav: Doktorsexamen i medicinska vetenskaper med inriktning mot molekylär medicin, molekylär genetik eller liknande samt minst fem års dokumenterad erfarenhet inom genomik och/eller cancerdiagnostik.

Mycket goda kunskaper i genomteknologi och erfarenhet av nästa generations sekvensering (NGS) med fokus på Illuminasystem är ett krav, liksom erfarenhet från experimentellt arbete med DNA, RNA och biblioteksberedning för sekvensering med instrument från Illumina. Laborativ och bioinformatisk erfarenhet av RNA-seq inklusive analys av genuttryck och cancerfusionsgener. Gedigen erfarenhet i hantering av stora dataset i linuxmiljö, såsom analys av sekvenseringsdata från NGS och data från Illumina Infinium-arrayer, inklusive dokumenterad kunskap inom programmering (särskilt Bash/R) för dataanalys är ett krav. Tidigare erfarenhet av arbete i elektroniska labsystem (LIMS) i en ackrediterad miljö är ett krav. Mycket goda kunskaper i svenska och engelska i tal och skrift ett krav då verksamhetens dokumentation och kommunikation sker på dessa språk.

Vi söker en person som är noggrann, flexibel, utåtriktad, ansvarskännande samt har god initiativ- och problemlösningsförmåga och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt och meriterande i övrigt: Erfarenhet av andra metoder som tex. DNA och RNA extraktioner, ChIP, RACE, PCR, samt arbete med analys av flera typer av data från genotypningsarrayer. Vi ser det även som meriterande att den sökande har erfarenhet av linked-read sekvensering och singel-cell analyser med Chromiumsystemet (10x Genomics).

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidare, provanställning kan komma att tillämpas.

Anställningens omfattning: 100%

Upplysningar om anställningen lämnas av: Ulrika Liljedahl (ulrika.liljedahl@medsci.uu.se) eller Jessica Nordlund (jessica.nordlund@medsci.uu.se)

Välkommen med din ansökan senast den 9 april, 2020, UFV-PA 2020/1022.