Bioinformatiker - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Professor Lindblad-Tohs grupp ingår i en kreativ miljö inom Uppsala Universitets medicinska fakultet och i SciLifeLab. Forskningens fokus ligger på att använda komparativ genomik för att förstå komplexa sjukdomar, från cancer till inflammatoriska sjukdomar, och neurobiologi. För att uppnå detta använder vi oss av populationsdata och genomvida associationer tillsammans med olika omics data och traditionell genetik och biokemiska och funktionella analyser på hundmodellen, celllinjer och patientprover.

Vi söker innovativa och energiska personer som gärna arbetar som medlem i en grupp för att driva våra studier framåt på följande områden: i) förbättra kvaliteten och annoteringen av hundens arvsmassa och som modell för human cancer och neurobiologi genom att generera nya funktionella data (inkl. RNA-Seq på vävnad och single-cells, ATAC-seq, ChiP-seq, Hi-C) och ii) dissekera funktionell konservering och konvergerande evolution och genreglering m.h.a. nyligen genererade data från 200 däggdjur.

Arbetsbeskrivning: Genomiska och bioinformatiska metoder för att förbättra hundens referensgenom och analysera genregler. Samarbeta nära med en grupp av forskare, postdocs och bioinformatiker för att skapa och underhålla erforderlig beräkningsinfrastruktur för ett stort projekt som syftar till att förstå funktionell begränsning och konvergerande utveckling av genregler. I arbetsuppgifterna ingår att sätta upp och underhålla en lokal server, ladda ner, tolka och integrera publikt tillgängliga storskaliga dataset, skapa, underhålla och söka i en lokal MySQL databas, effektivt lagra och backa upp data, installera, underhålla och anpassa existerande mjukvara för analyser, optimera användningen av universitets beräkningsresurser (UPPMAX), främja samarbetet mellan gruppen och beräkningsresurser och -plattformar vid Uppsala Universitet/SciLifeLab, sätta upp och underhålla en websida för projektet och genomföra erforderliga dataanalyser. Viss undervisning kan ingå.

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen eller motsvarande erfarenhet i datavetenskap, bioinformatik, statistik, genomik. Stor vikt läggs på att bedöma sökandens lämplighet i gruppen.
• Erfarenhet av UNIX/Linux och kommandoradsmiljöer
• Erfarenhet av systemadministration
• God erfarenhet av databashantering (skapa, underhålla och söka i MySQL-databaser)
• Erfarenhet av att konfigurera och underhålla UNIX/Linux-server
• Erfarenhet av datalagring och backup
• Erfarenhet av programmering i olika högnivåspråk (Java, C++, Python) och statistisk programmering i R
• Erfarenhet av att med script eller motsvarande programmeringsspråk (Perl, Python) hantera nedladdning, tolkning och integrering av storskaliga datamängder i olika format.
• Erfarenhet av att installera, anpassa och underhålla existerande analysprogramvara
• Erfarenhet av att använda högpresterande beräkningskluster (t ex UPPMAX)
• Erfarenhet av att skapa och underhålla websidor är en fördel
• Erfarenhet av sekvensanalys och bioinformatik/genomik är meriterande
• Mycket god förmåga att kommunicera muntligt och skriftligt, både på svenska och engelska

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast för en period av två år.

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Kerstin Lindblad-Toh, kerstin.lindblad-toh@imbim.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 14 november 2018, UFV-PA 2018/3682.