Doktorand i Beräkningsbiologi / Bioinformatik

Doktorand i Beräkningsbiologi / Bioinformatik

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten.  Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: https://www.uu.se/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet

Vill du arbeta med utveckling av beräkningsmetoder för data om genuttryck från enskilda celler (specifikt för celllinjesläktskap), med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand i beräkningsbiologi / bioinformatik på Uppsala universitet.

Laboratoriets forskning är inriktad på utveckling av beräkningsmetoder (statistiska metoder och maskininlärning) för data om encelliga genuttryck (såsom encellig RNA-sekvensering, spatial transkriptomik och in situ-sekvensering / sekventiell FISH) för att härleda komplexa cellegenskaper. Forskargruppen är kopplad till Science for Life Laboratory (SciLifeLab) och är en del av det nationella programmet för datadriven livsvetenskap (DDLS).

Projektets centrala fokus är cellulära härstamningsrelationer (anor), hur de kan förutsägas och hur dessa förutsägelser kan informera banor, fenotypbyten och vanliga nedströms encellsanalyser.

Kandidaten kommer att ha möjlighet att individuellt driva projekten framåt och utveckla sin egen forskningslinje samt att utöka sina färdigheter i skärningspunkten mellan programmering, statistik och biologi.

Arbetsuppgifter

Vi söker en mycket motiverad person som kommer att testa verktyg för härstamningsinferens (baserade på CNV, somatiska mutationer och genuttryck) i ground truth-prover samt friska och cancerösa vävnader. Du kommer att tillämpa GEMLI-algoritmen (https://www.nature.com/articles/s41467-024-47158-y), förbättra och utöka den, och integrera den med andra algoritmer för att få en mer heltäckande bild av cellhärstamningsrelationer. Du kommer att tillämpa härstamningsinferens för att studera härstamningsspecifikt genuttryck, plasticitet, cancerheterogenitet, cellödesbeslut och andra härstamningsrelaterade frågor. Du kommer att skapa programvara, sammanfatta resultat för vetenskaplig publicering och kommunicera sin forskning till experter och lekmän.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• - avlagt examen på avancerad nivå inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller motsvarande, eller
• - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Färdigheter i skärningspunkten mellan programmering, statistik och biologi krävs. Kandidaten ska ha goda kunskaper i R- och/eller Python-programmering samt erfarenhet av utveckling av originalkod för analys av encelliga transkriptomikdata. Erfarenhet av avancerad statistik, hantering av stora datamängder och datavisualisering förväntas. Flytande skriftlig och muntlig engelska är nödvändig.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Någon av följande färdigheter anses meriterande.

• Erfarenhet av att hantera tekniska och andra bias i data och av att hantera komplexa data med ömsesidigt beroende funktioner
• Erfarenhet av HPC, parallellisering och hantering av stora datamängder
• Erfarenhet av funktionsinferens (t.ex. att härleda en oobserverad extern faktor genom dess fotavtryck i data, dvs. transkriptionsfaktoraktivitet från RNA-sekvenseringsdata)
• Erfarenhet av maskininlärning, pseudotid- eller RNA-hastighetsanalyser
• Erfarenhet av mjukvaruutveckling och dokumentation

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel Tarbier, +46737885977, marcel.tarbier@scilifelab.se

Välkommen med din ansökan senast den 29 december, UFV-PA 2025/3243.