Forskare inom translationell genomik av miljöanpassning

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Projektbeskrivning:
Att förstå sambandet mellan genetisk variation och fenotypisk variation är ett grundläggande mål inomgenombiologi och genomisk medicin. Under de senaste 15 åren har genombredsstudier (GWAS)identifierat många DNA-regioner som är kopplade till komplexa egenskaper hos människor.Översättningen till funktionell förståelse släpar efter, delvis eftersom över 95 % av de GWAS-identifierade lokuserna hos människor finns i icke-kodande, regulatoriska regioner av genomet, och detär komplext att identifiera orsaksgener och mekanismer. I detta projekt syftar vi till att förstå demolekylära mekanismerna bakom arters förmåga att anpassa sig till sin miljö. Sill är ett utmärkt systemför att studera sådana anpassningar. För det första befruktar sillen sina ägg externt, vilket utsätter dem förbetydande miljövariation under hela deras livscykel. För det andra finns det cirka 10¹² sill på jorden, somparar sig slumpmässigt. Därför bestäms allelfrekvenserna för genvarianter i olika lokalt anpassadesubpopulationer av naturligt urval, medan genetiskt brus (genetisk drift) spelar en mycket liten roll.GWAS på sill, utförda i Leif Anderssons laboratorium i Uppsala universitet, har identifierat över 100 genomiska regioner somstyr anpassning till skillnader i salthalt, temperatur, tidpunkt för reproduktion och ljusförhållanden. Tillskillnad från hos människor omfattar många associerade DNA-regioner hos sill enskilda basförändringari protein-kodande sekvenser som tydligt pekar ut sannolika orsakande varianter och gener. Finansierat avWallenbergstiftelsen och möjliggjort av en ny forskningsinfrastruktur byggd av BalticWaters Foundation,rekryterar vi nu en forskare som ska ingå i ett team som strävar efter att avslöja de molekyläramekanismer genom vilka vissa identifierade varianter påverkar arters anpassning. Forskaren kommer attfokusera på base editing och funktionella experiment i zebrafiskmodeller, och eventuellt även i sill.Under hela projektet kommer forskaren att samarbeta med experter inom evolutionär biologi och spatialtranskriptomik, som angriper utmaningen från kompletterande perspektiv.

Arbetsbeskrivning:
Forskaren kommer i första hand att studera molekylära mekanismer som tros ligga bakom arters anpassning genom att utveckla och använda zebrafiskmodeller. Arbetsuppgifter inkluderar:
- Generera mutanter med hjälp av den senaste tekniken inom base editing och CRISPR/Cas9-metoder
- Skapa transgena, fluorescerande reporterlinjer för potentiella orsaksgener
- Använda in vivo-fluorescensmikroskopi för att visualisera effekter av varianter
- Förbereda prover för vidare experiment och analyser, t.ex. spatial och/eller enkelcells-RNA-sekvensering samt andra -omikmetoder
- Objektivt kvantifiera bilddata
- Datamanagement, kvalitetskontroll och statistisk analys av data
- Hålla sig uppdaterad om metodutveckling inom området och implementera viktiga framsteg
- Skriva rapporter och presentera resultat för teamet och vid internationella möten
- Sprida resultat genom manuskript för publicering i peer review-granskade tidskrifter.

Kvalifikationer:
Ansökningar tas emot från mycket motiverade kandidater med doktorsexamen i molekylärbiologi eller liknande, med minst tre års relevant forskningserfarenhet på postdoktoral nivå.
Sökande måste ha dokumenterad och bred kompetens inom grundläggande molekylärbiologiska metoder.
Dokumenterad erfarenhet av genomredigering i zebrafisk krävs.
Sökande måste ha minst två års erfarenhet av att använda zebrafisk som försöksdjur.
Erfarenhet av mikroinjektioner och skötsel av zebrafisk krävs.
En framgångsrik kandidat ska vara mycket motiverad, organiserad, pålitlig och kunna arbeta både i team och självständigt.
Utmärkt kommunikationsförmåga på engelska krävs, både muntligt och skriftligt.

Meriter:
Tidigare kunskap och erfarenhet av fluorescensmikroskopi, datamanagement och bildbaserade analyser är meriterande.

Ansökan 
En beskrivning av din relevanta forskningserfarenhet, kunskaper, färdigheter och personliga förmågor. En beskrivning av vad som intresserar dig med den här tjänsten.
Ett CV/meritförteckning
En lista över publikationer i peer review-granskade tidskrifter
Kontaktuppgifter till minst två referenspersoner.
Om tillgängligt kan även rekommendationsbrev bifogas.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel den Hoed, marcel.den_hoed@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 15 augusti 2025, UFV-PA 2025/2072.