Doktorand i data-driven precisionsonkologi

Doktorand i data-driven precisionsonkologi:
kartläggning av hjärntumörers invasionsvägar med spatiala och beräkningsbaserade metoder

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 500 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 345, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: https://www.uu.se/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

DDLS-programmet. Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,7 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Arbetsuppgifter

Vill du bidra till banbrytande cancerforskning och utveckla nya metoder för precisionsmedicin? Vi söker en nyfiken och ambitiös doktorand till ett tvärvetenskapligt projekt som kombinerar beräkningsbiologi, spatial genuttrycksanalys och tumörmodellering för att förstå hur hjärntumören glioblastom invaderar hjärnan och hur detta kan blockeras med nya behandlingar.

Glioblastom är en mycket aggressiv hjärntumör med få behandlingsalternativ. Projektets mål är att identifiera gener och molekylära mekanismer som driver tumörens invasionsmönster – både generella och patientunika. Genom att använda nya spatiala tekniker och CRISPR-baserade metoder skapar vi datadrivna modeller som kopplar genreglering till hur tumörceller rör sig genom hjärnans strukturer.

Projektet fokuserar på data-driven modellering av genuttrycksmönster och är perfekt för dig med ett intresse för dataanalys, programmering och biologi. Du kommer arbeta i ett tvärvetenskapligt team med stark experimentell och analytisk kompetens, där du får tillgång till unika tumörmodeller och toppmodern teknik.

Vi använder unika metoder som kombinerar CRISPR-baserade geningrepp och spatial genuttrycksanalys – tekniker som gör det möjligt att se exakt vilka gener som styr tumörens väg genom hjärnvävnaden. Forskningen är starkt datadriven och sker i nära samarbete mellan experimentella och teoretiska forskare.

Du kommer att spela en central roll i utvecklingen av nya analysmetoder och modeller, och bidra till att identifiera svagheter i tumören som på sikt kan bli mål för behandling.

Vad vi erbjuder:

• Ett engagerat och tvärvetenskapligt forskarteam med bred spetskompetens inom cancerbiologi, statistik och spatial teknologi.
• Handledning av ledande forskare:
  • o Sven Nelander, expert på systembiologi och tumörmodeller (Uppsala universitet; huvudhandledare)
  • o Rebecka Jörnsten, professor i matematisk statistik (Göteborgs universitet / Chalmers)
  • o Mats Nilsson, pionjär inom spatial genanalys (SciLifeLab & Stockholms universitet)
• Integration i det nationella DDLS-programmet för datadriven livsvetenskap, med fokus på precisionsmedicin.
• Tillgång till toppmodern infrastruktur, ett nytt institut för terapiutveckling i hjärnan (CNSx3) och ett starkt nätverk inom akademi och industri.

Din profil

Vi söker dig som har en masterexamen inom bioinformatik, teknisk fysik, molekylärbiologi, datavetenskap eller liknande. Du har goda kunskaper i programmering (t.ex. R eller Python) och ett brinnande intresse för att använda data och modeller för att förstå biologiska processer. Erfarenhet av statistisk modellering, maskininlärning eller analys av spatiala data är meriterande – vi värdesätter framför allt nyfikenhet, en vilja att lära nytt, och god samarbetsförmåga i en tvärvetenskaplig miljö.

Ansök och bli en del av forskningen som formar framtidens cancerbehandling.

Kvalifikationskrav

För denna tjänst krävs

• Goda kunskaper inom matematik och statistik, inom områden som rör tex linjär algebra, sannolikhetsteori, maskininlärning, högdimensionell statistik, optimering.
• Dokumenterad erfarenhet av att arbeta med biologiska data, särskilt inom genomics, eller annan erfarenhet av liknande data av hög dimensionalitet, bilder, mm.
• Utmärkta färdigheter inom programmering i Python, R, Matlab, eller annat språk i bred användning inom data science
• Utmärkt kommunikativ förmåga, och god talad och skriven engelska.

Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och intagningsbestämmelser finner du på https://www.uu.se/vetenskapsomrade/medicin-och-farmaci/utbildning/utbildning-pa-forskarniva . Urval av sökande görs av handledaren i samråd med institutionens forskarutbildningsgrupp. Forskarutbildningskommittén inom vetenskapsområdet medicin-farmaci antar doktoranden.  Löneplacering sker enligt lokala riktlinjer vid Uppsala Universitet.

För anställning krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till forskarutbildning. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap  §§1-7  samt universitetets regler och riktlinjer.  Doktoranden ska främst ägna sig åt den egna forskarutbildningen. Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser undervisning och administrativt arbete kan ingå inom ramen för doktorandplatsen (max 20 %).  Utbildningen på forskarnivå omfattar normalt 4 års heltidsstudier, maximalt 5 år om institutionstjänstgöring tillkommer.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Som särskilt meriterande ses

• Direkt erfarenhet av single cell-genomik, spatiell profilering och liknande områden.
• Dokumenterad erfarenhet av att med eget driv bidra till och färdigställa avancerade projekt.

Stor vikt läggs vid personlig lämplighet.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Prof Sven Nelander, +46 76 1380123, epost sven.nelander@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 25 maj 2025, UFV-PA 2025/1192.