Forskare inom evolutionära mönster hos mikrobiella eukaryoter

Postdoktor gällande evolutionära mönster hos mikrobiella eukaryoter, med fokus på plastiders ursprung

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om olika organismers evolution, utveckling och funktion. För mer information se www.iob.uu.se.

Tjänsten är placerad hos Fabien Burki’s forskningsgrupp (https://www.burki-lab.net/) på Systematisk biologi, vid Institutionen för organismbiologi (Evolutionsbiologiskt centrum, Uppsala universitet). På detta-laboratorium, studerar vi eukaryota organismers diversitet, huvudsakligen på mikrobiell nivå, för att bättre förstå några av de viktigaste förändringarna som skett inom för alla eukaryota organismers evolution, däribland plastidernas ursprung.

Projektbeskrivning

Vårt laboratorium har beviljats ERC Consolidator Grant (PlastidOrigin) med målet att studera en av det mest omvälvande händelserna i de eukaryota organismernas evolution. Mer specifikt, ursprunget till och utvecklingen av, de fotosyntetiska organellerna (sk. plastider) hos dessa eukaryoter.

Vi har byggt upp en omfattande genomisk databas utifrån celler med plastider från den akvatiska miljön. Utifrån analys av enskilda celler och mixade cellpopulation har vi analyserat deras genetiska innehåll. Genom vår databas har vi nu gjort en banbrytande upptäckt av en helt ny plastidgrupp, som är nära besläktad med redan kända huvudgrupper av alger. Vår upptäckt är unik i sitt slag, eftersom helt nya alggrupper sällan upptäckts. Den här upptäckten har även potential att belysa hur plastider kan spridas mellan olika grupper i det eukaryota släktträdet genom endosymbios.

Ditt arbete inom projektet blir att isolera celler från denna nya grupp organismer från miljö prover, för att karakterisera morfologin, dess geninnehåll, samt erhålla detaljerad information om dess beteende och evolutionära utveckling. En rad metoder kommer att behöva användas, inklusive: identifiering olika potentiella provtagningsplatser baserat på DNA-analyser från pågående miljöundersökningar. När sådana provpunkter identifierats, genomföra isolerings experiment, med hjälp av direktmikroskopi, singel-cell transkriptomik och annan genomisk analys.

Arbetsuppgifter

I arbetet ingår provtagning ofta utomlands, laboratorie-arbete och bioinformatik. Detta arbetet innebär bland annat:

• provtagning
• cellisolering
• visualisering med avancerad fluorescence mikroskopi (CARD-FISH, confocal)
• cellsortering
• single-cell transkriptomik
• genomik
• isolerings försök genom cellodling av utvalda celler från anrikningskulturer
• Förbereda databasbibliotek för metabarkodning och HTS-sekvensering

De bioinformatiska analyserna inkluderar biodiversitetdata, fylogeni, analys av genomiska databasbibliotek och fylogenomik. I arbetet ingår även att sprida resultaten genom publikation i tidskrifter med förhandsgranskning samt göra presentioner på konferenser. Utbildning kommer att ges vid behov. I tjänsten ingår resor för kortare (t.ex. konferens) eller längre perioder för att samla in prover.

Kvalifikationskrav. Doktorsgrad i biologi eller motsvarande, eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i Biologi eller motsvarande. 

Önskvärt/Meriterande i övrigt

Bakgrund inom ämnet: eukaryotiska organismers mångfald kommer att ses som mycket värdefull. Tidigare erfarenhet av cellsortering (t.ex. FACS) kommer att bedömas positivt. Universitetet eftersträvar vid tillsättningen av denna tjänst att rekrytera den person som vid den samlade bedömningen av kompetens, färdigheter och dokumenterade meriter bedöms vara mest lämpad att utföra och utveckla det aktuella arbetet samt att bidra till en positiv utveckling av vår avdelningen..

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare (provanställning kan tillämpas). Omfattningen är heltid. Tillträde 2024-12-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Fabien Burki, fabien.burki@ebc.uu.se. 

Välkommen med din ansökan senast 2024-07-15, UFV-PA UFV-PA 2024/1985.