Bioinformatiker med inriktning mot forskarstöd inom bildanalys - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för informationsteknologi har en ledande position inom såväl forskning som utbildning på alla nivåer. Institutionen har i dag ca 300 anställda varav 120 lärare och 110 doktorander. Drygt 4000 studenter läser en eller flera kurser vid institutionen varje år och ett 30-tal forskargrupper är kopplade hit. I den administrativa gruppen jobbar i dag 23 personer. Mer information om oss hittar du på institutionen för informationsteknologis webbplats

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Den utannonserade anställningen är placerad vid avdelningen Vi3 inom institutionen för informationsteknologi, men är även del av SciLifeLab BioImage Informatics enhet (BIIF), som beskrivs nedan. Institutionen för informationsteknologi har en bred verksamhet och en ledande position inom såväl forskning som utbildning på alla nivåer. Vid Vi3 samlas en världsunik kombination av expertis inom datoriserad bildanalys, människa-datorinteraktion och datavetenskapens didaktik. SciLifeLab BIIF är administrativt placerad här och erbjuder utbildning och forskarsupport inom digital bildanalys för life science tillämpningar. Läs mer här.

Science for Life Laboratory, SciLifeLab, är ett svenskt nationellt centrum för molekylär biovetenskap med fokus på hälsa och miljöforskning. Centret kombinerar teknisk expertis i frontlinjen med avancerad kunskap om translationell medicin och molekylär biovetenskap. SciLifeLab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, Kungliga Tekniska Högskolan, Stockholms universitet och Uppsala universitet, men samarbetet innefattar många fler universitet. SciLifeLab bildades 2010 och idag arbetar ca 1,500 personer inom centret, varav ca 1/5 inom dess faciliteter som erbjuder support för forskare inom livsvetenskaperna. BIIF är en av SciLifeLabs faciliteter. BIIF är dessutom del av NMI, National Microscopy Infrastructure, Euro BioImaging, och NBIS, National Bioinformatics Infrastructure Sweden som engagerar ca 100 bioinformatiker spridda över landet. BIIF har på så sätt nära kopplingar till infrastruktur för både bildinsamling och dataanalys.

Arbetsuppgifter
Vi söker en bioinformatiker med stort intresse av att utveckla, implementera och anpassa digitala bildanalysmetoder för kvantitativ analys av mikroskopidata. Mycket fokus ligger på storskalig analys baserad på maskininlärning och deep learning/AI. Du kommer arbeta med kortare och längre projekt och erbjuda forskarsupport vid BIIFs noder i Uppsala och Stockholm samt andra universitet i Sverige. Uppdraget innebär även undervisning i form av organisation av användarmöten/kurser och workshops kring digital bildbehandling och analys med life science tillämpningar. Handledning av examensarbeten inom området ingår också i arbetsuppgifterna, liksom viss inblandning i forskningsprojekt i Carolina Wählbys forskargrupp.

Kvalifikationskrav
Du bör ha mastersexamen och/eller disputerat inom digital bildanalys/bildbehandling eller motsvarande, alternativt disputerat inom bioinformatik/biomedicin/biologi eller motsvarande. Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder är ett krav. God kommunikationsförmåga på engelska, både muntlig och skriftlig, är ett krav.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av arbete med maskininlärning och deep learning med tillämpningar inom mikroskopidata, så som t.ex. vävnadsanalys, är meriterande. Erfarenhet från postdoktorala studier (eller motsvarande inom annan verksamhet) med fokus på storskalig datahantering och metodutveckling inom bildanalys är meriterande. Särskilt meriterande är färdighet i att använda och utveckla algoritmer och analyspipelines avsedda att identifiera och segmentera celler och mikroorganismer i odling och vävnadssnitt, samt att kvantifiera biologiska parametrar för dessa. Erfarenhet av att organisera workshops och handledning är också meriterande samt arbete med forskningsreproducerbarhet.

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning 6 månader kan tillämpas. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: 
Professor Robin Strand, robin.strand@it.uu.se, Professor Carolina Wählby, carolina.wahlby@it.uu.se eller Anna Klemm, anna.klemm@it.uu.se.

Ansökningsförfarande: Ansökan ska skickas in via länken nedan. Ansökan ska innehålla ett brev där den sökande beskriver motiveringen till att söka denna tjänst, relevanta kvalifikationer och forskningsintressen. Ansökan ska också innehålla en meritförteckning (CV), länkar till relevanta publikationer. Notera att ansökningar bara accepteras via länken nedan.

Välkommen med din ansökan senast den 21oktober 2022, UFV-PA 2022/3520.