Postdoktor inom bioinformatik om systembiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en klinisk institution inom den medicinska fakulteten, med ca 250 anställda samt fler än 300 personer sammankopplade via Akademiska sjukhuset. Institutionen bedriver både klinisk och preklinisk forskning och därmed finns stora möjligheter för translationell forskning och givande forskningssamarbeten inom universitetsmiljön. Uppsala universitet har också en stark infrastruktur och tradition vad avser innovation.

Bioinformatiska analyser av så kallad ”Big data” används i allt större utsträckning inom området systembiologi och precisionsmedicin. I det senare är målet att kunna skräddarsy diagnostik och behandlingar utifrån genetik, miljö och livsstil. Detta projekt avser inrikta sig på detta område, utifrån ett bredare samarbetsprojekt om neurokognitiva och metabola sjukdomar.

Positionen är på två år och kommer att bedrivas vid enheten för Transplantation and regenerativ medicin.

Projektet avser använda precisionsmedicin och systembiologi för att etablera nya diagnostiska verktyg, biomarkörer och behandlingsterapier för komplexa hjärnsjukdomar, med inriktning på epilepsi, neurokognitiva sjukdomar (såsom Alzheimers sjukdom) och sömnstörningar. Patienterna kommer att undersökas vid flera tidpunkter, inklusive olika tider på dygnet, då olika typer av prover och patient-karakteristika samlas in, inom ramen för ett större EU-samarbete.

Komplexa hjärnsjukdomar representeras bl.a. av neurokognitiva sjukdomar (t.ex. Alzheimers demens), sömnstörningar och krampanfall (epilepsi). Dessa kroniska tillstånd har en globalt hög prevalens och leder ofta till betydande funktionshinder som stör aktiviteter av dagligt liv (ADL), de försämrar livskvaliteten (QoL), ökar risken för förtida död, samt bidrar till en ökad socioekonomisk börda för patienter, deras familjer och deras samhällen i stort. Därtill interagerar dessa tillstånd (Komplexa hjärnsjukdomar leder via komplexa patofysiologiska mekanismer till en försämring av hjärnans neurobiologi och funktion. Detta förklarar deras höga ko-morbiditet, och leder ofta till ett behov av livslång medicinsk behandling, som ofta är suboptimal.

Målet med det nuvarande projektet är att använda systembiologi och så kallad ”Big data” för att dels förbättra och skräddarsy diagnostik och prognos, samt att kunna förutsäga behandlingssvar. Det vill säga delar av så kallad precisionsmedicin, med inriktning på ovannämnda neurokognitiva tillstånd. Detta kräver en bred kartläggning av biologisk data, så kallad djup fenotypning. I detta projekt kommer exempelvis EEG-baserad sömndata, blod- och CSF-baserade biomarkörer och aktigrafi-baserad data (för analys av fysisk aktivitet och dygnsrytmer) att samlas in.

Ett av delmålen i projektet är att använda en artificiell intelligens-baserad plattform för att kunna analysera Big data från flera källor/modaliteter för att kunna anpassa terapier till en specifik individ. Vi kommer även att samla in data om ämnesomsättningen ser ut hos dessa individer, för att kartlägga ifall dessa fenotypdata kan förutsäga olika sjukdomsvariabler. Parallellt kommer vi att använda interventionsstudier för att förstå hur sömn och livsstilsfaktorer interagerar med vanliga folkhälsosjukdomar som drabbar kognitionen samt ämnesomsättningen, såsom typ 2-diabetes. Även här kommer ett av målen vara att finna nya biomarkörer, t.ex. molekyler i blod eller i tarmens mikrobiom.

I projektet kommer du att få medverka i ett bioinformatiskt arbete med samarbetspartners från flera länder (framförallt EU-länder). Projektet kommer ge ny insikt för viktiga sjukdomar som drabbar hjärnan, med fokus på sömn och neurodegenerativa sjukdomar, dvs. några av vår tids stora hälsoutmaningar.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter  

• Bioinformatiska analyser av och integrering av flera datatyper, så kallad systembiologisk analys (t.ex. blodbaserade biomarkörer, EEG-data) från olika patientkategorier, för att finna nya biomarkörer och sjukdomsmekanismer som är specifika för olika typer av neurokognitiva störningar. Inriktningen är på demenssjukdomar, sömnstörningar och epilepsi, samt metabola störningar såsom typ 2-diabetes.
• Analys av aktivitetsdata (aktigrafi) och EEG-data för att analysera sömn och parametrar för dygnsrytmen, samt hur detta relaterar till sjukdomsmekanismer och annan neurokognitiv data (t.ex. för att utvärdera minnesförmågan) vid neurokognitiva och metabola störningar.
• Analys av metagenomiska data och integrering med metabolomik-baserade data, med bioinformatiska nätverksmodeller för att hitta nya mekanismer för reglering av dygnsrytmen och sömn vid normal hälsa och vid metabola och neurokognitiva störningar.
• Samarbete med partnergrupperna inom EU-Horizon-projektet MES-CoBraD, för provhantering och provanalyser vid etablerade faciliteter vid Uppsala universitet och våra samarbetspartners, för analyser av nya biomarkörer, t.ex. med multiplexade provpaneler (t.ex. O-link, samt riktade metabola, kardiovaskulära och neurodegenerativa biomarkörer).

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen i integrativ nätverksmodellering eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i metabol och/eller integrativ nätverksmodellering.
• Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.
• Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, inom bioinformatik och integrering av flera datatyper (t.ex. transkriptom-data, metabolomik och tarmflorans metagenomik), med arbete och visualisering i relevanta skriptmiljöer (såsom R och pyton).
• Erfarenhet, med stöd av vetenskapliga publikationer, av arbete med ovanstående typer av data för humandata, gärna med fokus på folkhälsosjukdomar såsom obesitas, typ 2-diabetes och neurodegenerativa sjukdomar.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Kunskaper om bioinformatiskt relevant databas-hanering (t.ex. KEGG, USDA, Uniprot) och nedladdning och implementering av sådant i bioinformatiskt relevanta tillämpningar. Multi-omics-integrering, genome scale metabola modeller, erfarenhet av relevanta bioinformatiska pipelines och relevanta kvalitetssäkrings-verktyg (t.ex. DESeq, PSA, PLSDA, t-SNE). Erfarenhet i relevanta visualiserings-miljöer (ggplot, cytoscape, illustrator), programmering i andra (skript)språk, erfarenhet av större forskningssamarbeten och sådan projektorganisation. Våtlabs-arbete, t.ex. med ELISA-metoder, qPCR och western blotting.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i två (2) år. Omfattningen är heltid/100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jonathan Cedernaes, jonathan.cedernaes@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 29 april 2022, UFV-PA 2022/1288.