Forskare inom storskaliga bioinformatiska analyser. - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Arbetet sker inom två forskargrupper vid ICM – Bengt Perssons och Fredrik Petterssons. Bengt Perssons forskargrupp är inriktad på medicinsk bioinformatik, där vi nu studerar förändringar i genuttryck vid hjärtsvikt. Vi studerar också mutationers inverkan på proteinstruktur samt utvecklar metoder för klassificering av proteiner. Fredrik Petterssons forskargrupp är inriktat på att studera genreglering vid olika stressförhållanden hos mykobakterier. Vi använder oss av både experimentella och bioinformatiska metoder för att förstå hur mykobakterier anpassar sig, både på global och lokal nivå, till ändrade livsmiljöer.

Arbetsuppgifter
Forskaren skall bedriva forskning inom följande två projekt:

Projekt 1 avser bioinformatiska studier av genuttryck vid olika typer av hjärtsvikt, inkluderande analys av differentiell genexpression, kartläggning av förändrade metaboliska vägar och detaljerad analys av upp- och nedreglerade gener. Under projektets gång kommer utvidgning att ske till att även inkludera proteomik- och metabolomikdata. Korrelation mellan genomikdata och fenotypdata skall undersökas.

Projekt 2 avser bioinformatiska studier av dynamik i genreglering vid olika betingelser hos mykobakterier med avseende på differentiell analys av transkriptomikdata, anrikningsanalys av DNA-bindningsdata för olika stressförhållanden och beräkning av genregleringsnätverk. Vidare skall transkriptionsregulatorer identifieras i mykobakterier och fylogenetiska analyser utföras.

Kvalifikationskrav
- Doktorsexamen inom beräkningsbiologi och bioinformatik (eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen)

- Avancerade programmeringskunskaper i Python, C/C++ och shell scripting.

- Stor erfarenhet av maskininlärning såsom supportvektormaskiner och neurala nätverk samt principalkomponentanalys.

- Flerårig erfarenhet av R och Bioconductor är ett krav.

- Flerårig bioinformatisk erfarenhet av analys av storskaliga genexpressionsdata, speciellt med avseende på arbete med mykobakterier och humandata. Vidare krävs mycket goda kunskaper i statistik och användande av bioinformatiska analysverktyg, särskilt för analys av sekvensmotiv, differential expression, alignment och assembly.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper. Särskilt meriterande är självständighet, initiativtagande och att sökanden är självgående. Sökanden skall vara strukturerad, kvalitetsmedveten och kreativ. Viktigt är också att ha god samarbetsförmåga, vara serviceinriktad samt ha god muntlig kommunikation.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas.

Tillträde: snarast eller efter överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan komma att tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av Bengt Persson, bengt.persson@icm.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 17 maj 2018 , UFV-PA 2018/1327.