Doktorand i masspektrometri, bioinformatik och precisionsmedicin

Är du intresserad av att arbeta med avancerad masspektrometri i en dynamisk forskningsmiljö, med stöd av kompetenta och vänliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka en doktorandtjänst vid Uppsala universitet.

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

Vi söker en mycket motiverad doktorand med bakgrund inom masspektrometri, analytisk kemi eller kemiteknik, kombinerat med starka färdigheter inom bioinformatik, dataanalys och matematik. Tjänsten är baserad i den tvärvetenskapliga forskargruppen som leds av docent Kim Kultima vid Institutionen för medicinska vetenskaper vid Uppsala universitet. Gruppen är internationellt erkänd för sitt arbete i skärningspunkten mellan masspektrometri, beräkningsbiologi och AI-driven precisionsmedicin. Mer om vår verksamhet hittar du här.

Arbetsuppgifter
Detta är en unik möjlighet att vara en del av en dynamisk forskningsmiljö inriktad på att utveckla nästa generations verktyg för att förstå komplexa sjukdomsmekanismer med hjälp av avancerad masspektrometri, bioinformatik och storskaliga biologiska data.

Doktorandprojektet syftar till att undersöka tarmflorans roll i multipel skleros (MS) genom att identifiera mikrobiella metaboliter i blodet som markörer för sjukdomsaktivitet och behandlingssvar. Med avancerad masspektrometri (metabolomik, lipidomik och exposomik) samt integrering av genetiska, kliniska och livsstilsdata, söker vi nya molekylära insikter om MS-progression och behandling.

Arbetet omfattar metodutveckling inom LC-HRMS, samt statistisk och AI-baserad dataintegration. Både övervakade och oövervakade metoder används för biomarkörupptäckt och patientstratifiering utifrån molekylära signaturer. Kultima-labbet är en del av en tvärvetenskaplig miljö och samarbetar nära med Burman-gruppen (klinisk MS-forskning) och Spjuth-gruppen (AI och prediktiv modellering). Gruppen har nyligen publicerat i bland annat Nature Communications, BMC Medicine och npj Digital Medicine, och forskningen expanderar inom mikrobiota, miljöexponering och biomarkörer med stark klinisk relevans.

Projektet finansieras av Vetenskapsrådet, FORMAS, Wallenbergstiftelsen och SSMF, vilket garanterar tillgång till förstklassig labbinfrastruktur, kraftfulla datorresurser och ett starkt forskningsnätverk.

Doktoranden ska främst ägna sig åt den egna forskarutbildningen. Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser undervisning och administrativt arbete kan ingå inom ramen för doktorandplatsen (max 20 %). Utbildningen på forskarnivå omfattar normalt 4 års heltidsstudier, maximalt 5 år om institutionstjänstgöring tillkommer.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

-       avlagt examen på avancerad nivå inom Civilingenjörsprogrammet eller Masterexamen i kemiteknik, analytisk kemi eller ett relaterat område, och visa stark kompetens inom kemi, matematik och bioinformatik, eller

-       fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller

-       på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi lägger stor vikt vid personlig lämplighet och stark motivation. Erfarenhet av masspektrometri, omics-dataanalys samt programmering i Python eller R är ett krav. Sökanden bör ha ett genuint intresse för masspektrometribaserad mikrobiotaforskning och precisionsmedicin.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Sökanden bör ha ett genuint intresse för forskning inom masspektrometri, mikrobiota, exposom analyser och precisionsmedicin. Ha en god kommunikativ förmåga och förmåga att arbeta både självständigt och i team. Mycket god engelska i tal och skrift krävs; att tala svenska är en merit då viss undervisning sker på svenska. Positiva referenser från akademiska handledare krävs. Erfarenhet av arbete med högpresterande datorresurser, mikrobiomdata eller metabolomik är starkt meriterande.

Ansökan ska innehålla ett brev där du beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill genomföra en doktorandutbildning och varför du är lämplig för denna tjänst (max 1 sida). Ditt CV. En kort beskrivning av din utbildning. En kopia av din masterexamen och dina kursbetyg, tillsammans med en kopia av din masteruppsats. Namn och kontaktuppgifter till minst två referenser (e-postadresser och telefonnummer). Eventuella publikationer, om tillämpligt.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.
https://www.uu.se/medarbetare/organisation-styrning/regler/?languageId=3

Upplysningar om anställningen lämnas av: Lektor och docent Kim Kultima, e-post: kim.kultima@medsci.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 19 juni 2025, UFV-PA 2025/1698.