MSCA doktorander med inrikting mot organisk kemi

MSCA doktorander med inrikting mot organisk kemi

Institutionen för kemi – BMC utlyser tre doktorandtjänster i kemi.

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer, varav ca 45 doktorander, arbetar vid institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Den internationella miljön och möjligheterna till tvärvetenskapliga samarbeten ger forskarstuderande vid institutionen möjlighet att medverka i relevanta forskningsprojekt och förbereda sig för en internationell forskningskarriär.

Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi – BMC på vår hemsida.

Över 50% av mänskliga proteiner anses vara "odrogbara" med klassiska små molekyler. Av särskild betydelse är intracellulära proteiner som saknar klassiska bindningsfickor. Selektiv bindning med hög affinitet till den plana ytan på sådana proteiner kräver större molekyler. Makrocykler borde vara särskilt lämpade för att binda till sådana intracellulära proteiner. Det är emellertid en utmananing att utveckla stora makrocykler som samtidigt binder till sina målproteiner, visar membranpermeabilitet och tillräcklig hög vattenlöslighet. Vårt centrala mål är att få förståelse för struktur-egenskapsförhållandena för makrocykliska läkemedel för att utveckla de principer som är nödvändiga för framgångsrik design av nya makrocykliska läkemedel, för att kunna behandla hittills obehandlingsbara sjukdomar.

Detta projekt är en del av det Europeiska doktorandnätverket Macrocycle for Drug Discovery (MC4DD) med tre doktorandanställningarna som finansieras av EU:s Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA). Doktoranderna kommer att arbeta i ett internationellt tvärvetenskapligt utbildningsnätverk som involverar 8 akademiska och 5 industriella partners, inklusive kurser och utstationeringar vid topprankade europeiska universitet och industripartners.

Det finns tre potentiella projekt och du ombeds att i din ansökan specificera vilket projekt du söker.

Projekt 1: Förstå makrocyklers cellpermeabilitet genom maskininlärning. Målen för detta delprojekt är att använda maskininlärning för att utveckla snabba och noggrann klassificerings- och regressionsmodeller för att förutsäga makrocykelns cellpermeabilitet, och att använda och förbättra de senaste maskininlärningsteknikerna för att identifiera de viktigaste parametrarna i de utvecklade modellerna. Doktoranden kommer att få utbildning i bestämningen av cellpermeabilitet över Caco-2-celler, i att karakterisera lipofilicitet, polaritet och kameleonicitet, i användningen av PCA och andra maskininlärningsmetoder för att välja 2D- och 3D-deskriptorer för modellbyggnad, i byggnaden av teoretiska modeller för cellpermeabilitet med hjälp av diverse maskininlärningsmetoder, i användningen av dataanalysmetoder som PLS, PCA och klustring för att ge insikt i den effektiva uppsättningen av deskriptorer som styr modeller, samt i att bestämma i vilken utsträckning de utvalda makrocykler beter sig som molekylära kameleoner.

Projekt 2: NMR-karaktärisering av makrocykelns konformationella dynamik i lösning. Målen för detta projekt är utvecklingen av en lösnings-NMR-algoritm för beskrivning av lösningsensembler genom en kombinerad användning av avancerade NMR parametrar så som residual dipolar coupling, scalar coupling, NOE pseudocontact shift, paramagnetic relaxation enhancement, i identifieringen av den konformationella ensembles av makrocykler, och utvecklingen av en NMR-metod för bestämning av makrocykelns bindningssätt till deras målprotein med en högre noggrannhet än det möjligt idag. Detta projekt inkluderar utbildning i lösnings-NMR-spektroskopi inklusive bestämning av NOE-uppbyggnadshastigheter, residual dipolar coupolings, pseudocontact shifts och paramagnetic relaxation enhancements, i teoretiska konformationssökningar och kombination av spektroskopiska och beräkningsdatan för identifiering av lösningskonformerer och deras populationer.

Projekt 3: Bestämning av lösningsensembler av stora makrocykliska peptider. Målen för detta projekt är deltagande i syntesen av ~10 stora (MW >>1000 Da) makrocykliska peptider baserade på en potent och permeabel hit, i bestämningen av deras cellpermeabilitet och målproteinbindning, bestämningen av deras lösningsensembler i en vattenhaltig miljö såväl som i en membranliknande, lågdielektrisk miljö med hjälp av avancerad lösnings-NMR-metoder. Den framgångsrika kandidaten kommer att få utbildning i fastfas-peptidsyntes inklusive kromatografisk rening, bestämning av cellpermeabilitet på Caco-2-celler, bestämning av NOE-uppbyggnadshastigheter, residual dipolar coupolings, pseudocontact shifts och paramagnetic relaxation enhancements, generering av teoretiska konformationella ensembler och identifiering av lösningskonformerer och deras populationer genom att kombinera NMR och beräkningsdata.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav

• Behörighet till utbildning på forskarnivå har den som fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kompetenser. Mer information om behörighetskraven finns här.
• För att antas till forskarutbildning i kemi med inriktning mot organisk kemi krävs godkända kurser i kemi eller för kemi relevanta områden omfattande minst 90 hp, inklusive minst 40 hp organisk kemi på avancerad nivå, eller motsvarande kunskaper som förvärvats på annat sätt. Mer information om de ämnesspecifika kraven finns här.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.
• Detta projekt kräver att du kan arbeta självständigt och att du även har utmärkt samarbetsförmåga då projektet kommer att kräva att du kan samarbetar med forskare från andra universitet och industrier
• Du bör ha relevanta vetenskapliga erfarenheter för projektet.

• Eftersom tjänsten finansieras av EU’s Marie Skłodowska Curie Action (MSCA) finns särskilda behörighetskrav med avseende på mobilitet. Sökande får inte ha studerat eller arbetat i Sverige mer än 12 månader under de senaste 36 månaderna. Vänligen se MSCA:s regler för doktorandnätverk för detaljer. Doktoranden kommer även att väntas åka på längre vistelser hos andra partners inom nätverket.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom god samarbetsförmåga, motivation och självständighet, samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha de förmågor som krävs för att kunna tillgodogöra sig och utvecklas inom forskarutbildningen.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Kunskap och praktisk erfarenhet av maskininlärning och/eller NMR-spektroskopi kommer att ses som starka meriter

Rangordningen av de sökande kommer att baseras på grundexamensbetyg, grundutbildningens profil och på eventuell ytterligare erfarenheter av forskning inom områden av relevans för forskningsprojektet. Sådan ytterligare erfarenhet bör exemplifieras och ingå i din ansökan, t.ex. genom artiklar publicerade i internationella peer-reviewade tidskrifter, eller genom anställning på företag eller andra institutioner verksamma inom det specifika forskningsområdet. Stor vikt kommer att läggas på personliga kvalifikationer som krävs för projektet.

Vid tillsättningen av dessa tjänster strävar vi efter att rekrytera de personer som vid en samlad utvärdering av kompetens, kompetens och dokumenterade kvalifikationer bedöms vara mest lämpade att genomföra och utveckla det aktuella projektet samt att bidra till en positiv utveckling av institutionen.

Doktorander engageras normalt för viss undervisning på grund- och avancerad nivå. Tidigare erfarenhet från undervisning/mentorskap, även från miljöer utanför skola/universitet, samt annan utåtriktad verksamhet kan därför vara meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Mate Erdelyi (e-mail: mate.erdelyi@kemi.uu.se, +46729999166).

Välkommen med din ansökan senast den 12 augusti 2024, UFV-PA 2024/2462.