Doktorandplats inom bioinformatik/evolutionär mikrobiologi - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Vid IMBIM bedrivs grundforskning inom biokemi, cell- och molekylärbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionell genomik, immunologi, bakteriologi, och virologi. Institutionens forskning är huvudsakligen grundläggande, men har i sin tillämpning tydlig koppling och betydelse för hälsa och sjukdom hos såväl djur som människor. En närmare beskrivning finns på https://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/.

Vi söker en högt motiverad doktorand att delta i projektet "En tvåmiljarders historia av infektioner: evolution av värdanpassning hos tidiga Gammaproteobacteria", finansierat av Vetenskapsrådet. Projektet leds av Lionel Guy, och doktoranden kommer att vara placerad vid Biomedicinska centrum, Uppsala, Sverige.

Projektbeskrivning
Förmågan att nära sig på andra organismer genom fagocytos är ett avgörande steg i eukaryoternas evolution, en förutsättning för näringsvävar, flercellighet och, möjligen, förvärvet av mitokondrier. Det öppnade också vägen för intracellulär parasitism, då vissa bakterier kom undan digestion inom sina värdar och förökade sig i näringsrika cytoplasma. Här fokuserar vi på Deep-branching Intracellular Gammaproteobacteria (DIG), en stor grupp relaterade bakterier (t.ex. Legionella och Francisella) som visar en stor variation av värdanpassningsstrategier. Vi hypotiserar att den senaste gemensamma förfadern till DIG, som uppträdde under eukaryogenesen för 2 miljarder år sedan, var en av de första bakterierna att infektera eukaryoter. I detta projekt kommer doktoranden att samla in en gedigen uppsättning DIG-genomer, rekonstruera deras evolutionära historia, bedöma deras metaboliska potential och identifiera deras värdanpassningsgener. Hen kommer att screena genomer för horisontella gendelningar från tidiga eukaryoter eller Asgard-arkéer. Genom en bättre förståelse för relationerna mellan de första eukaryoterna och deras tidiga patogena kommer de erhållna resultaten att belysa eukaryogenesen, särskilt rollen av fagocytos.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, molekylärbiologi, mikrobiologi, mikrobiell ekologi eller liknande område, eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper
• Dokumenterade programmeringsfärdigheter i Python eller R
• Erfarenhet av att använda och/eller utveckla metoder inom metagenomik och molekylär evolution
• Bakgrundsförståelse och intresse för mikrobiell evolution
• Goda kunskaper i talad och skriftlig engelska
• Förmåga att självständigt initiera, utföra och slutföra forskningsprojekt
• Kreativitet och goda grupparbetsfärdigheter

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Erfarenhet av att skapa pipeliner för användning med högpresterande beräkningskluster
• Kompetens inom hantering av stora dataset

Kvalifikationskraven måste uppfyllas innan anställningen börjar, inte nödvändigtvis vara uppfyllda när ansökningstiden utgår.

Urvalet baseras på följande kriterier: Fullgörande av ovanstående kvalifikationer, betyg i relevanta kurser, lämplighet av kurserna för forskningsprogrammet, tidigare erfarenhet av arbete och forskning inom det bredare området som relaterar till det ovan beskrivna projektet. En integrerad bedömning av sökanden genereras för att anställa den bästa möjliga kandidaten som kan lyckas med doktorandstudier och bidra till en positiv utveckling av forskningsprogrammet. Vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper, inklusive analytisk förmåga, noggrannhet, flexibilitet och samarbetsförmåga.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

För ytterligare information, kontakta Lionel Guy, lionel.guy@imbim.uu.se

Ansökan mottages via Uppsala Universitets ansökningsportal och förväntas innehålla CV, ett personligt brev där du beskriver dig själv, dina kunskaper och forskningsintresse, examensrapport (eller utkast till sådan, och/eller annan egenproducerad teknisk eller vetenskaplig text), publikationer och andra relevanta dokument, namn och e-post/tel.nr. till två referenspersoner.

Välkommen med din ansökan senast den 8 april 2024, UFV-PA 2024/805.