Doktorand i molekylär evolution

Doktorand i Molekylär evolution
Vill du arbeta med molekylär evolution, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand på Uppsala universitet.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som vart och ett fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden för det vi gör ligger inom biologin, men vår forskning överlappar med andra områden som medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskap och fysik. Institutionen har över 200 anställda, varav ett 60-tal doktorander. Läs gärna mer om vårt arbete på https://icm.uu.se.

En doktorandtjänst i Jennifer James forskargrupp på programmet för Molekylär Evolution är nu tillgänglig. Mer information om hennes forskning finns här: https://www.scilifelab.se/researchers/jennifer-james/. Den sökande kommer att bli medlem i en nyetablerad forskargrupp som fokuserar på att förstå de evolutionära mönster och processer som formar genom och proteom. Vi är glada att välkomna dig till gruppen!

Projektbeskrivning
Doktorandtjänsten kommer att vara helt beräkningbaserad och fokusera på storskalig bioinformatisk analys av proteomdata från ett brett spektrum av existerande arter. Forskningen kommer att fokusera på att förstå mutationell robusthet. Mutationell robusthet är förmågan hos individer inom populationer att uttrycka liknande fenotyper trots förekomsten av underliggande genetisk variation. Projektet kommer att avslöja hur mutationell robusthet relaterar till fenotypisk mångfald, och om mutationell robusthet främjar evolverbarhet. Projektet skulle också kunna utöka sin omfattning till att överväga DNA-data. Ytterligare specifika projekt kommer att utvecklas i samarbete med den framgångsrika kandidaten, beroende på deras projektresultat och forskningsintressen.

Arbetsuppgifter
I början av projektet kommer den framgångsrika kandidaten att skapa ett protein-dataset i samarbete med andra medlemmar i forskningsgruppen och samla in aminosyrasekvensdata från flera fullständigt sekvenserade genom. Studenten kommer att ta fram en mängd olika mått på fenotypisk mångfald hos protein, som beskriver variation i proteinstruktur och funktion med enkla mått som övergripande hydrofobicitet och moderna proteinstrukturprediktionstekniker. 

Doktoranden kommer sedan att ansvara för att uppskatta mått på mutationell robusthet. Dessa mått kan inkludera den relativa andelen aminosyraförändrande mutationer per kodon och andelen förändringar som resulterar i en radikal kontra konservativ aminosyraförändring, dvs. hur stor andel av mutationerna kommer leda till utbyte av aminosyror med olika eller liknande egenskaper. 

För att undersöka sambandet mellan fenotypisk mångfald och mutationell robusthet kommer doktoranden att genomföra en mängd olika statistiska analyser. Ytterligare projekt kan inkludera att bedöma huruvida adaptiva substitutionshastigheter relaterar till graden av mutationell robusthet, och om nivåer av genetisk mångfald relaterar till nivåer av fenotypisk mångfald.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• - avlagt examen på avancerad nivå inom biologi, eller
• - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Goda skriftliga och muntliga färdigheter i engelska är ett måste för tjänsten. Den sökande bör ha en mycket god förståelse av nyckelbegrepp inom evolutionsbiologi. Den sökande bör också ha ett intresse av att lära sig, eller tidigare erfarenhet av att programmera, i främst Python. Den idealiska kandidaten är en driven och kreativ tänkare, med passion för att upptäcka. Vi söker en person med god kommunikationsförmåga som trivs med a jobba tillsammans med andra men som också kan jobba självständigt. Vi hjälper dig gärna att utveckla dina färdigheter och följa dina vetenskapliga intressen.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Tidigare erfarenhet inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller generellt inom programmering är meriterande. Erfarenhet av arbete inom populationsgenetik och evolutionsbiologi/genomik eller proteomik är också meriterande. Erfarenhet av statistiska analyser ses som meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2025-05-05 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jennifer James, jennifer.james@icm.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 4 april 2025, UFV-PA 2025/674.