Doktorandplats i mikrobiologi

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Vid IMBIM bedrivs grundforskning inom biokemi, cell- och molekylärbiologi, tumörbiologi, jämförande genetik, funktionell genomik, immunologi, bakteriologi, och virologi. Institutionens forskning är huvudsakligen grundläggande, men har i sin tillämpning tydlig koppling och betydelse för hälsa och sjukdom hos såväl djur som människor. En närmare beskrivning finns på Forskning - Uppsala universitet

Vi söker en mycket motiverad person med ett stort intresse av att doktorera inom medicinsk mikrobiologi. Förväntat startdatum är våren 2025, eller enligt överenskommelse.

Projektsammanfattning

Forskargruppen där kandidaten kommer att arbeta studerar heteroresistens och dess mekanismer med ett fokus på hur variationer i genkopieantal påverkar evolution av antibiotikaresistens och horisontell genöverföring. Den framgångsrika kandidaten kommer att ha tillgång till en stor samling av genetiskt välkarakteriserade och kliniskt problematiska bakterier (E. coli, S. enterica och K. pneumoniae) som kommer att studeras via experimentell evolution, precisa genetiska konstruktioner, ddPCR, Illumina och Nanopore-sekvensering samt proteomics och RNA seq.

Tjänsten är en av 10 doktorandtjänster inom ”New Horizon Europe-funded Marie Skłodowska-Curie Action (MSCA) Doctoral Network” ((https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/315956)). 

Exempel på publikationer som projektet baseras på:

1. Nicoloff H et al (2019). The high prevalence of antibiotic heteroresistance in pathogenic bacteria is mainly caused by gene amplification. Nature Microbiology. 4: 504 (see also News and Views, Nature Microbiology 2019, 4: 1606).
2. Andersson DI et al (2019). Mechanisms and clinical relevance of bacterial heteroresistance. Nature Reviews in Microbiology. 17:479.
3. Pal A and Andersson DI (2024). Bacteria can compensate the fitness cost of amplified resistance genes via a bypass mechanism. Nature Communications, 15:2333.
4. Nicoloff H et al (2024). Three concurrent mechanisms generate gene copy number variation and transient antibiotic heteroresistance. Nature Communications. 15:3981.
5. Heyman G et al (2025). Prevalence, misclassification and clinical consequences of the heteroresistant phenotype in E. coli bloodstream infections in patients in Uppsala, Sweden: a retrospective cohort study. Lancet Microbe, Jan 16:101010.

Arbetsuppgifter

Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå med fokus på genetik, mikrobiologi, evolutionsbiologi eller ett relaterat fält eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi letar efter en kandidat med laboratorieerfarenhet inom molekylärbiologi, bakteriegenetik och mikrobiologi. Mycket god muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska krävs. Kandidatens personliga egenskaper så som samverkan och kommunikationsförmåga samt analytisk förmåga kommer att beaktas. Kandidaten förväntas ta egna initiativ såväl som att samarbeta med nationella och internationella kollegor både inom och utanför gruppen.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av bioinformatik är meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Lönen är €3078 före skatt inklusive ett mobility allowance på €600 och eventuellt familjetillägg om €660. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Professor Dan I. Andersson, Dan.Andersson@imbim.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 30 april 2025, UFV-PA 2025/538.