Doktorand i bioinformatik

Vill du arbeta med forskning med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand vid Uppsala universitet.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som alla fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden till vad vi gör ligger i biologi, men vår forskning överlappar med andra områden såsom medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskaper och fysik. Institutionen har över 200 anställda med runt 60 doktorander. Läs gärna mer om verksamhetens arbete på https://icm.uu.se.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter
I seniorprofessor Komorowskis bioinformatiska grupp är forskningsfokus maskininlärning för livsvetenskaperna. Metoderna som används är vanligtvis grundade i datavetenskap och statistik medan problem som ska lösas ofta definieras av forskare i biomedicin. I samarbete mellan professor Komorowskis bioinformatikgrupp och professor Michael Gales grupp vid University of Washington, Seattle, USA, utvecklar vi kombinatoriska modeller av immunsystemets svar på vacciner. Vårt primära tillvägagångssätt är att använda tolkningsbara, även kallade transparenta, maskininlärningstekniker, som inte bara kan göra förutsägelser utan viktigast av allt kan ge grunden till tolkningar av resultaten. Det innebär att det är möjligt att svara på frågorna hur förutsägelserna nås i skarp kontrast till så kallade black-box-modeller. Syftet med denna doktorandtjänst är att ge en djupare förståelse för immunsystemet när det utvecklar skydd vid vaccination. Detta kommer att kräva ytterligare utveckling av maskininlärningsmetoder av den transparenta typen. Doktoranden förväntas vara involverad både i att bygga maskininlärningsmodeller av immunsystemet och i tolkningen av resultaten. Kandidaten förväntas hjälpa till med att undervisa i en maskininlärningskurs. 

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• - avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik eller beräkningsbiologi, eller
• - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Betydande kompetens inom transparenta maskininlärningsmetoder såsom regelbaserade modeller och beslutsträd krävs, liksom kunskaper i allmänna data-/datavetenskapliga metoder.  Goda kunskaper i engelska, i tal och skrift är önskvärt eftersom all forskning i huvudsak sker på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av R.ROSETTA inlärningssystem, Monte Carlo Feature Selection och grundläggande kompetens inom artificiella neurala nätverk är meriterande liksom tidigare erfarenhet av undervisning i akademisk miljö.  

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala. 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jan Komorowski, jan.komorowski@icm.uu.se 

Välkommen med din ansökan senast den 26 juni 2024, UFV-PA 2024/2220.