Postdoktor inom Bayesiansk inferens för tillämpningar inom cellbiologi

Vill du arbeta med Bayesiansk inferens för tillämpningar inom cellbiologi, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som postdoktor på Uppsala universitet.

Uppsala universitet har en lång tradition av framgångsrik forskning – bland alumnerna återfinns 16 nobelpristagare, nu senast Svante Pääbo. Universitetet är unikt när det gäller att kombinera IT med bredare forskning, från biovetenskap till humaniora, och detta samarbete underlättas för närvarande av AI4Research och Centrum för tvärvetenskaplig matematik.

Institutionen för informationsteknologi har en ledande position inom såväl forskning som utbildning på alla nivåer. Vi är idag Uppsala universitets tredje största institution och har i dag drygt 350 anställda varav 120 lärare och 120 doktorander. C:a 5000 grundutbildningsstudenter läser en eller flera kurser vid institutionen varje år. Mer information om oss hittar du på institutionen för informationsteknologis webbplats.

Vid avdelningen för Systemteknik utvecklar vi både teori och konkreta verktyg för att designa system som lär sig, resonerar och agerar i den verkliga världen baserat på en sömlös kombination av data, matematiska modeller och algoritmer. Vår forskning integrerar expertis från maskininlärning, optimering, reglerteori och tillämpad matematik, och spänner över olika tillämpningsområden som medicin, energisystem, biomedicinska system, neurovetenskap och säkerhet.

Vid avdelningen har vi ett brett nätverk av starka internationella samarbetspartners över hela världen, till exempel vid University of Cambridge, University of Oxford, Imperial College, University of Sydney, University of Newcastle och Aalto University. Vi strävar efter att alla doktorander ska få en gedigen internationell erfarenhet under sin doktorandtid.

Denna tjänst är en del av Beijerlaboratoriet för AI-forskning, finansierat av Kjell och Märta Beijers stiftelse. Beijerlaboratoriet för AI-forskning etablerades 2023 vid Uppsala universitet med en ambition att växa verksamhet inom ämnet AI, med fokus på tillämpningar inom livsvetenskaperna och frågor relaterade till samhällsutveckling.

Den utvalda kandidaten kommer att arbeta vid Institutionen för informationsteknologi, avdelningen för systemteknik. Den utvalda kandidaten kommer att ha ett nära samarbete med biträdande universitetslektorer Sara Hamis (Institutionen för informationsteknologi, avdelningen för systemteknik) och Måns Magnusson (Statistiska institutionen).

Arbetsuppgifter
Tekniska framsteg inom bildanalys av celler har resulterat i en mängd cellbildsdata som visar hur cellpopulationer ändras i tid och rum. Dessa data innehåller rik information om hur celler agerar och interagerar med varandra. I detta forskningsprojekt utvecklar vi matematiska och probabilistiska modeller som kvantifierar cellbeteenden och cell-till-cell-interaktioner från dynamiska punktmönster (där punkter representerar cellkoordinater) som extraheras från bilddata.

Den postdoktorala forskarens huvuduppgift blir att utveckla Bayesianska inferensmetoder och beräkningsmatematiska pipelines vars syfte är att uppskatta matematiska modeller från dynamiska punktmönsterdata. Modell-inferens kommer huvudsakligen att göras med hjälp av ett probabilistiskt programmeringsramverk, såsom Stan.

Dessutom kommer postdoktorn att:

• samarbeta med ett tvärvetenskapligt team av experter inom matematik, statistik, maskininlärning och preklinisk cancerforskning,
• leda vetenskapliga manuskript och presentera forskningsresultat på internationella konferenser,
• ha möjlighet att undervisa (upp till 20%),
• ha möjlighet att handleda studenter.

Postdoktorn kommer att ingå i gruppen Artificiell Intelligens och Matematik för Onkologi (AIMOn).

Kvalifikationskrav
Doktorsexamen i tillämpad matematik, statistik, maskininlärning, biofysik, eller ett liknande ämne eller en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen i ett av dessa ämnen. Examen ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

Sökande bör vara lagspelare med utmärkt kommunikationsförmåga. Kunskaper inom matematisk problemlösning och programmeringskunskaper krävs. Inga förkunskaper inom cancerbiologi krävs men sökande bör ha ett genuint intresse av att använda matematik, statistik och beräkningsmetoder för att bättre förstå cancer.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Forskningserfarenhet inom ett eller flera av följande ämnen är meriterande (utan inbördes rangordning):

1. Bayesiansk inferens/ probabilistisk modellering.
2. Beräkningsstatistik.
3. Markov chain Monte Carlo metoder som Hamiltonian Monte Carlo.
4. Programmering i Python, R, Mathematica.
5. Programmering i Stan eller liknande probabilistiska programmeringsramverk.
6. Fourieranalys.
7. Matematisk biologi.
8. Matematisk modellering.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad i 2 år enligt centralt kollektivavtal. Omfattningen är heltid. Tillträde 1a augusti 2024 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Biträdande universitetslektor Sara Hamis, (+46) 18-471 1061, sara.hamis@it.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 29 april 2024, UFV-PA 2024/856.