Doktorand inom systematisk biologi

Doktorand inom systematisk biologi
Vill du arbeta med svampgenomik med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand på Uppsala universitet.

Forskning i Fungal Accessory Genome Evolution (FungAGE)-labbet fokuserar på att förstå utvecklingen av genom och den genetiska grunden för anpassning hos svampar. Vi upptäckte nyligen att många svampar har massiva transposerbara element, kallade Starships, som mobiliserar en stor mångfald av svampgener. Vi har nu dechiffrerat hur Starships rör sig inom genom, men en växande mängd bevis tyder på att de också är kapabla att flytta mellan genom. Huvudmålet med denna doktorandtjänst är att utforska den evolutionära dynamiken hos Starship-element och svampvärdgenom genom jämförande genomiska tekniker. Idealt sett kommer detta att avslöja avvägningar mellan att hysa ett visst Starship och tillväxt under specifika miljöförhållanden. Ytterligare ett mål är att försöka kvantifiera sådana avvägningar genom att odla svampstammar under laboratorieförhållanden.

Arbetsuppgifter
Detta projekt kommer i första hand att använda befintliga jämförandegenomiska pipelines som vi har utvecklat i gruppen. Utvecklingen av nya pipelines kommer också att vara en central del av detta projekt. Som sådan är förtrogenhet med kodningsspråk en fördel. Svampodling med en mängd olika medier och förhållanden kan också vara en del av projektet, därför är intresse för både beräknings- och laboratorieforskning önskvärt. Analys av resultat med statistiska metoder, som de implementerade i R kommer också att vara viktiga. Resultaten kommer att skrivas för publicering i vetenskapliga tidskrifter och presenteras vid internationella konferenser.

Kvalifikationskrav

Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

•  avlagt examen på avancerad nivå inom evolutionsbiologi, bioinformatik eller ett närbesläktat område eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Erfarenhet av att använda bioinformatiska verktyg är ett krav, vilket kan inkludera: att arbeta i UNIX-miljöer, att skripta i python/perl eller att arbeta med helgenomanpassningar.

Personliga egenskaper som problemlösning, kommunikation, samarbete och förmåga att strukturera är ett krav. Den sökande bör ha dokumenterad erfarenhet och färdighet i muntlig och skriftlig presentation på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Erfarenhet av att analysera genomiska data och mikrobiell odling, särskilt av svampar. Erfarenhet av kommunikation av vetenskapliga begrepp inom en akademisk miljö, inklusive att formulera hypoteser och genomföra statistiska analyser är också meriterande. 

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.https://regler.uu.se/?languageId=3

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 25-03-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Aaron Vogan, aaron.vogan@ebc.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 31 Januari 2025, UFV-PA 2024/4334.