Doktorand i precisionsmedicin vid pediatrisk cancer

Doktorand i multiomik-integration och maskininlärning för precisionsmedicin vid pediatrisk cancer

Vill du arbeta med banbrytande forskning, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand på Uppsala universitet.

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på https://www.uu.se/institution/medicinska-vetenskaper/

Vi rekryterar en driven doktorand till forskargruppen Molekylär precisionmedicin vid Institutionen för medicinska vetenskaper vid Uppsala Biomedicinska Centrum (BMC). Forskargruppen fokuserar på olika sjukdomar med hjälp av storskaliga genetiska metoder och bygger en bro mellan avancerade laboratoriebaserade och beräkningsbaserade angreppssätt. På vår webbplats finns nuvarande projekt beskrivna:

https://www.uu.se/en/department/medical-sciences/research/research-groups/molecular-precision-medicine

Genom nära samarbete med kliniska forskare vid Akademiska sjukhuset har forskargruppen tillgång till unika provsamlingar och klinisk patientinformation. Ett nära samarbete med National Genomics Infrastructure (NGI) vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) ger forskargruppen tillgång till den senaste sekvenseringstekniken https://ngisweden.scilifelab.se/

Projektet fokuserar på att analysera prover från barn med leukemi eller lymfom, friska kontroller och in vitro-cellmodeller med hjälp av olika omik-tekniker.

Doktoranden förväntas förbearbeta de genererade data och utföra nedströmsanalyser, inklusive multiomik-integration och maskininlärning. För att uppnå det övergripande målet att främja precisionsmedicin vid pediatrisk leukemi/lymfom strävar vi efter att identifiera biomarkörer som kan skilja högriskpatienter från lågriskpatienter. Denna studie syftar till att förkorta kemoterapibehandling för lågriskpatienter, samtidigt som högriskgruppen kan riktas in med mer specifik behandling. Vi kommer också att genomföra läkemedelsscreeningar för målriktade terapier, där lovande nya läkemedel som för närvarande befinner sig i tidiga kliniska prövningar testas. Doktoranden kan komma att delta i att välja läkemedelskandidater genom bioinformatiska metoder.

Detta doktorandprojekt kommer att genomföras i nära samarbete med ledande forskargrupper inom pediatrisk hematologi från Nordic Society of Pediatric Hematology and Oncology (NOPHO) och ALLTogether (A2G)-konsortierna. Som doktorand i detta projekt kommer du att spela en nyckelroll i att integrera och analysera multiomik-data inom konsortiet för att fördjupa förståelsen av pediatrisk leukemi och lymfom på molekylär nivå och bidra till utvecklingen av nya behandlingsstrategier.

Arbetsuppgifter

• - Analysera multi-omik-data från patientprover och in vitro-modeller, inklusive genomik (WGS), transkriptomik (bulk- och scRNA-seq), epigenomik (DNA-metyleringsanalyser) och proteomik (Olink Explore PEA).
• - Utveckla och tillämpa maskininlärningsmodeller för att identifiera sjukdomssubtyper och förutsäga behandlingssvar.
• - Utveckla reproducerbara ramverk och/eller användarvänliga applikationer för att möjliggöra forskning av hög kvalitet och accelerera vetenskapliga upptäckter.
• - Samarbeta med barnonkologer, molekylärbiologer, bioinformatiker och beräkningsbiologer, både inom forskargruppen och med våra internationella samarbetspartners.
• - Skriva vetenskapliga artiklar och presentera projektets resultat vid vetenskapliga möten och konferenser.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• - avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, beräkningsbiologi, molekylärbiologi eller närliggande område.
• - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Ytterligare krav för denna tjänst:

• - Dokumenterad erfarenhet av storskalig dataanalys och programmering i relevanta språk, såsom Python och R.
• - God förmåga att hantera stora datamängder i en LINUX/UNIX-miljö.
• - Utmärkta kommunikations- och samarbetsförmågor.
• - Mycket goda kunskaper i engelska, både i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• - Erfarenhet av analyser av DNA-metylering.
• - Erfarenhet av proteomikdata (t.ex. Olink PEA).
• - Erfarenhet av multi-omik dataintegration.
• - Erfarenhet av analys av enkelcellssekvensering.
• - Kompetens inom maskininlärning för biomedicinska tillämpningar.
• - Erfarenhet av beräkningsarbetsflöden (t.ex. Snakemake, Nextflow).
• - Erfarenhet av interaktiva webbapplikationer (t.ex. Shiny).

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 1 februari 2026 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jessica Nordlund, jessica.nordlund@medsci.uu.se, +46704250806

Välkommen med din ansökan senast den 2 januari 2026, UFV-PA 2025/3795.