Forskare i molekylär systembiologi

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden för det vi gör finns inom biologi, men vår forskning överlappar med andra områden som medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskap och fysik. Institutionen har över 200 anställda med cirka 60 doktorander. Läs gärna mer om organisationens arbete på https://icm.uu.se.

Johan Elfs forskargrupp arbetar över gränserna för de traditionella forskningsfälten för att undersöka livet på molekylnivå. Vi bygger fysikaliska modeller av centrala biologiska processer och utvecklar olika mätmetoder för att testa dessa modeller i levande celler. Det aktuella projektet fokuserar på bakteriekromosomens struktur-funktionsrelationen. Hur bakterier organiserar sitt DNA och hur strukturen påverkar genuttryck är fortfarande relativt öppna frågor inom biologin. Vi studerar strukturen med hjälp av olika innovativa metoder, inklusive tidsupplöst single-cell Hi-C där vi använder en kombinatorisk indexeringsmetod för att skapa cellspecifika streckkoder för tvärbundna DNA-fragment. Baserat på dessa streckkoder kan vi skapa Hi-C-profiler för celler i olika stadier av cellcykeln. 

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet.

Arbetsuppgifter

Som forskare i diagnostisk mikrobiologi kommer du att utveckla och optimera metoden för single-cell Hi-C och relaterade tekniker. Du kommer att utföra experiment för att kartlägga kromosomstrukturen under olika cellcykelstadier samt analysera storskaliga sekvenseringsdata för att generera fasspecifika interaktionsprofiler. I arbetet ingår också modellering av kromosomsegregation utifrån de data som experimenten genererar. Du kommer att samarbeta med forskare inom mikroskopi, molekylärbiologi och bioinformatik, men förväntas driva projektet självständigt och bidra till manusförfattande och spridning av forskningsresultat.

Kvalifikationskrav

Du skall ha en doktorsexamen inom Life Science eller motsvarande samt goda kunskaper inom mikrobiologi, mikrobiell genetik, modellering av biologiska processer samt fysik och dataanalys. Erfarenhet av att använda och utveckla Hi-C-metoder för bakterier, inklusive bioinformatisk Hi-C-analys, är ett krav. Du skall ha god labbvana och behärska molekylärbiologiska metoder, särskilt DNA/RNA-hantering, sekvensering, och stambibliotekskonstruktion, men även vara kompetent att analysera resultaten. Du skall behärska programmeringsspråken Python och Matlab samt ha erfarenhet av modellering av biologiska process med OpenMM och PyMOL eller liknande verktyg. Du skall ha en kreativ och självmotiverad personlighet och ett intresse för grundforskning och metodutveckling. Eftersom projektet kräver samarbete med andra forskare i gruppen bör du ha god social kompetens och du ska kunna kommunicera obehindrat på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Erfarenhet av AI-baserade analysmetoder är meriterande.

Om anställningen

Anställningen är tillsvidare. Omfattningen är heltid. Tillträde 2026-04-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala. 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Irmeli Barkefors, +46 18 471 668, irmeli.barkefors@icm.uu.se 

Välkommen med din ansökan senast den 26 december 2025, UFV-PA 2025/3751.