Doktorand i evolutionär cellbiologi

Vill du arbeta med evolutionär cellbiologi, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand på Uppsala universitet.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är organiserad i sju forskningsprogram som fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylära systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden för vår verksamhet ligger i biologin, men vår forskning överlappar också med områden som medicin, datavetenskap, matematik, kemi, teknisk vetenskap och fysik. Totalt är vi över 200 anställda och cirka 60 doktorander. Läs mer om institutionens verksamhet på: https://icm.uu.se

Denna doktorandtjänst är inom programmet för Molekylär Evolution och kommer att handledas av Courtney Stairs och Jan Andersson: https://www.uu.se/institution/cell-och-molekylarbiologi/forskning/molekylar-evolution.

Projektbeskrivning
Hur påverkar mikrobiella eukaryoter livsvillkoren för prokaryoter i syrefattiga ekosystem? Anaeroba protister fungerar som både predatorer och samarbetspartner i mikrobiella samhällen i syrefattiga miljöer, från ytor på sediment till fritt i vattnet. Dessa interaktioner bidrar till viktiga biogeokemiska cykler genom metabola kopplingar med andra mikrober. Som toppredatorer bland mikrober är protister unikt positionerade att kanalisera näringsämnen till högre trofiska nivåer. Trots deras förmodade viktiga roll i ekosystemen – särskilt i syrefattiga miljöer – är protister fortfarande mycket dåligt studerade. Nya framsteg inom cellbiologi och genomik har nu gett oss verktyg för att förstå vilka dessa protister är och vad de kan ha för funktion i ekosystemen. Detta forskningsfält representerar en spännande frontlinje inom mikrobiologi och är avgörande för att förstå stabiliteten i mikrobiella samhällen och ekosystems funktion under fluktuerande redoxförhållanden.

Detta doktorandprojekt kommer att undersöka den dubbla naturen hos protist–prokaryot-interaktioner – från antagonistiska strategier såsom sekretion av effektorproteiner och riktad predation, till kooperativa interaktioner där resurser delas. Doktoranden kommer att använda genomiska, transkriptomiska och cellbiologiska verktyg för att dissekera mekanismerna bakom dessa interaktioner samt deras ekologiska konsekvenser. Både etablerade och nyligen isolerade kulturer från syrefattiga miljöer där protister odlas tillsammans med bakterier kommer att användas i studierna. Genom att integrera laboratorieexperiment med mikrobiologisk miljöprovtagning syftar projektet till att skapa insikter som kopplar molekylära processer till ekologiska sammanhang.

Vi söker en motiverad och nyfiken kandidat med stark drivkraft att utforska mikrobiella interaktioner i gränslandet mellan cellbiologi, evolution och de globala kretsloppen av grundämnen.

Arbetsuppgifter
Arbetet kommer att bestå av både bioinformatiska analyser och mikrobiologisk undersökning av protister och deras associerade mikrobiella samhällen. Sådant arbete kan till exempel inkludera de novo-sammansättning av sekvensdata, genomannotering, fylogenetiska analyser, proteinuttryck, mikroskopi och mikrobiell odling. 

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom bioinformatik, evolutionär biologi, molekylärbiologi eller annat ämne som arbetsgivaren bedömer som likvärdigt, eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Sökande vars mastersstudier i ovan nämnda ämnen ännu inte är avslutade kan också beaktas, under förutsättning att examen är slutförd vid starten av forskarutbildningen.

Ytterligare krav

• Sökanden ska ha förmåga att arbeta såväl självständigt som i grupp.
• Sökanden ska ha mycket god muntlig och skriftlig förmåga i engelska.
• Sökanden ska ha dokumenterad erfarenhet av grundläggande bioinformatik (webbaserad eller kommandoradsbaserad).

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Att kunna arbeta kreativt, målinriktat och strukturerat är centrala färdigheter under en forskarutbildning och kommer att tillmätas särskild betydelse.
• Sökande med erfarenhet av arbete med sekvensdata och bioinformatiska analyser, särskilt proteinstrukturprediktion, kommer att prioriteras.
• Erfarenhet av Linux/Unix-miljö och programmeringsspråk som Python, R eller Perl är mycket meriterande.
• Sökande med fördjupningskurser i mikrobiologi och molekylärbiologi är särskilt meriterande.
• Tidigare erfarenhet av att arbeta med protister eller sekvensdata från protister är också meriterande, men inget krav.

Ansökan
Ansökan ska vara skriven på engelska och ska inkludera följande:

• Svara på frågorna som ställs i Varbi-ansökningssystemet
• CV (maximalt 2 sidor):
  • Information om kandidatexamen och masterexamen samt titel på kandidatuppsats och masteruppsats (om tillämpligt)
  • Andra kvalifikationer som du anser vara relevanta för ansökan
  • Om tillämpligt, bifoga en lista över publikationer eller andra forskningsresultat med 1–3 meningar som beskriver ditt bidrag till arbetet

I denna rekrytering har vi ersatt det personliga brevet med frågor som du besvarar i samband med din ansökan. Svaren kommer att användas som en del i urvalsprocessen.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2025-09-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Courtney Stairs, thelabupstairs.uppsala@gmail.com, Jan Andersson, jan.andersson@icm.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 14 juli 2025, UFV-PA 2025/1920.