Forskare i proteomik av vävnadsprover från tarm

Institutionen för farmaci vid Uppsala universitet är en interdisciplinär miljö som fyller en central roll inom läkemedelsområdet. Med forskning i frontlinjen, utbildning i toppklass och vidsträckt samverkan utgör vi en viktig motor i utvecklingen av det farmaceutiska fältet. I den här inspirerande miljön sker forskning av internationellt hög klass och stor vetenskaplig betydelse. Bland våra centrala kompetenser är modellering och simulering, in vitro ADME modeller, avancerade in vivo metoder och aspekter på allt från individens läkemedelsanvändning till samhällets läkemedelspolicies. Tillsammans bildar vi ett unikt kluster av akademiska kompentenser inom farmacin och spelar en central roll i att skapa framtidens farmaceutiska vetenskap i Sverige och globalt.

Ett urval av våra specifika fokusområden: Molekylär Galenisk Farmaci • Läkemedelsformulering • Farmaceutisk Nanoteknologi • Farmakokinetik • Farmakodynamik • Farmakometri • Klinisk farmaci • Farmakoekonomi • Farmakoepidemiologi • Farmakoterapi • Samhällsfarmaci.

För mer information se: Farmaci

SciLifeLab är ett nationellt center för molekylära biovetenskaper med fokus på forskning inom hälsa och miljö. Centret kombinerar ledande teknisk expertis med avancerat kunnande inom translationell medicin och molekylära biovetenskaper. SciLifelab är en nationell resurs som drivs av Karolinska Institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret samarbetar med flera andra lärosäten.

Forskargruppen
Forskaren kommer att arbeta i forskargruppen för Molekylär galenisk farmaci. Gruppen har en interdisciplinär ansats och kombinerar beräkningskemi och bioinformatik med cell- och molekylärbiologi, biofarmaci, farmaci och fysikalkemi för att hitta nya vägar att förutsäga och definiera hastighetsbegränsande barriärer för absorption och organ distribution av olika läkemedel. Vi förväntar oss att vår forskning kommer att ge insikter om nya mekanismer för läkemedelsupptag, disposition och leverans, vilket kommer att stödja utvecklingen av nya terapeutiska strategier för effektiv oral läkemedelstillförsel. För mer information se  Molekylär galenisk farmaci. Tjänsten är knuten till Alexandra Telekis forskargrupp som är associerad med SciLifeLab. Målet med gruppens forskning är att omvandla nanomedicinska innovationer till kliniskt relevant, patientvänlig diagnos och behandling.  

Projektet
Forskaren kommer att arbeta med analytisk kemi och bioinformatik för analys av vävnadsprover från mag-tarmkanalen. Forskaren kommer att arbeta laborativt. Arbetsuppgifterna kommer främst att vara knutna till projekten ERC Consolidator Grant MAGNETO och EU Horizon 2020-projektet RISK-HUNT3R (RH3R). MAGNETO syftar till att utveckla en ny diagnostisk och terapeutisk plattform för att behandla inflammatorisk tarmsjukdom (IBD) hos barn. Inflammationen i tarmvävnaden hos IBD-patienter resulterar i överuttryck av specifika biomarkörer. I det här projektet kommer vi att kvantifiera den globala proteomet i biopsiprover från IBD-patienter genom våra kliniska samarbetspartners på Akademiska Sjukhuset i Uppsala. Den huvudsakliga uppgiften för forskaren kommer att vara att analysera insamlade in vivo-prover (tarm, serum, avföring) med multi-omikstekniker. RH3R -projektet syftar till att utveckla laboratorietekniker för att ersätta djurförsök i riskbedömning av kemikalier i vid bemärkelse. För att kunna bedöma mänsklig exponering och effekter av en kemikalie behöver pålitliga in vitro modeller av kemikalieomsättning och toxiska effekter i människa utvecklas. Forskaren kommer här att arbeta med proteomisk analys av in vitro-modeller för metabolism och permeabilitet i tarm och jämföra dessa med vävnadsprover från mänsklig tarm. Analys av levermodeller kommer också att ingå. Arbetsuppgifter kommer att innefatta analytisk provförberedelse av patientprover för efterföljande analys med vätskekromatografi kopplad till masspektrometri och rapportering av analyserna. Utveckling och optimering av metoder för global proteomik ingår i arbetet (t.ex. Data-Independent Acquisition). Även analyser av andra typer av provmaterial kan förekomma, från t.ex. cell studier, in vivo djurstudier eller läkemedelsformuleringar. Arbetsuppgifter innefattar vidare detaljerad analys (bioinformatik) och rapportering av dataseten.

Fokusområden: Analytisk kemi • Bioanalys i biologiska matriser • Inflammation • Inflammatorisk tarmsjukdom • Proteomik • Transkriptomik • Bioinformatik

Arbetsuppgifter: 100% forskning

Kvalifikationer
Ansökan från högt motiverade kandidater är välkomna. Den framgångsrika kandidaten bör ha en doktorsexamen inom analytisk kemi, molekylärbiologi, farmaci eller annat relevant område. Erfarenhet av proteomik, transkriptomik, metabolomik, biomarkörer och analys av humant plasma och intestinala biopsier är avgörande. Gedigen kunskap och praktisk erfarenhet av att arbeta med vätskekromatografi kopplad till masspektrometri, såsom t.ex. IM-QToF (Waters), Q-Exactive HF Orbitrap (Thermo Scientific) utrustad med nano/mikro-LC, är en fördel. Erfarenhet av bestämning av intakt massa och karaktärisering av proteiner är en fördel. Detaljerad förståelse för vanliga proteomiska analyser och tekniker, från grundläggande proteolytiska nedbrytningar till mer komplexa kvantitativa och kvalitativa proteomiska analyser, önskas. Dessutom är praktisk erfarenhet av relevant analytisk mjukvara (såsom MassLynx, Unifi, X-calibur, Proteome Discoverer, Compound Discoverer och Trace Finder), analytisk provförberedelse och rapportering av analyser i biologiska matriser (plasma och vävnadshomogenat) avgörande.

Den framgångsrika kandidaten måste kunna arbeta självständigt och ta egna initiativ, men även som en del av ett team. Vikt läggs vid personlig lämplighet. Sökanden måste också ha goda kommunikationsfärdigheter på engelska, både skriftligt och muntligt, på grund av den starkt internationella arbetsmiljön.

Behörighetskrav
Behörig att anställas som forskare är den som har avlagt doktorsexamen eller motsvarande utländsk examen inom ett relevant ämnesområde.

Ansökan, som bör vara skriven på engelska, mottages via Uppsala universitets ansökningsportal och förväntas innehålla

• CV med en komplett lista av publikationer
• ett personligt brev som beskriver kandidatens bakgrund, forskningsintresse och planer för framtiden, färdigheter och motivation till att söka den utlysta befattningen,
• behöriga kopior av examensbevis, doktorsavhandling,
• kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (telefon och e-post), och
• kopior av de tre mest relevant publikationerna som kandidaten vill framhäva.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare (provanställning kan tillämpas). Omfattningen är 100%. Tillträde 2025-07-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: universitetslektor och docent Alexandra Teleki, alexandra.teleki@farmaci.uu.se och docent Patrik Lundquist (patrik.lundquist@uu.se).  

Välkommen med din ansökan senast den 23 juni 2025, UFV-PA 2025/1922.