Forskningsassistent i Bioinformatik – Bildanalys och Datahantering

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och det teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Arbetsuppgifter:
• Analysera mikroskopidata såsom multiplex immunofluorescens och histopatologiska bilder • Utveckla Algoritmer för kvantitativa analys och klassificering av biologiska parametrar
• Använda verktyg för bildanalys som QuPath, CellProfiler, ImageJ/Fiji med flera
• Strukturera, dokumentera och hantera metadata för att säkerställa dataintegritet och tillgänglighet
• Samarbeta och stödja forskare och klinisk personal i gemensamma projekt

Kvalifikationer:
• Avlagd examen på grund- eller avancerad nivå inom bioinformatik eller motsvarande
• Erfarenhet av bildanalysverktyg såsom QuPath, CellProfiler, ImageJ/Fiji, Ilastik, Napari eller CytoMAP
• Kunskap i vetenskapligt programmeringsspråk med Python och R
• Erfarenhet av versionshantering med Git och arbete i Linux/Unix-miljö
• Erfarenhet av maskininlärning och djupinlärning inom bildanalys
• God vana att arbeta med strukturerad datahantering och metadata
• Grundläggande kunskap och förståelse av molekylärbiologi och cellbiologi
• Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både skriftligt och muntligt

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt:
• Erfarenhet av medicinsk bildanalys och statistiska metoder
• Tidigare erfarenhet av molekylärbiologiskt laboratoriearbete
• Erfarenhet av arbete med högpresterande datorkluster (HPC)
• Hantering av kliniska data och förståelse för etiska aspekter
• Förmåga att analysera och tolka omics-data med bioinformatiska verktyg • Kunskaper om lymfomsjukdomar

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 6 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Gunilla Enblad, gunilla.enblad@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 2 juni 2025, UFV-PA 2025/1558.