1-2 doktorander i maskininlärning av fysikbaserade kraftfält

1-2 doktorander i maskininlärning av fysikbaserade kraftfält

Vill du arbeta med maskininlärning inom biokemi, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som doktorand på Uppsala universitet.

Institutionen för cell- och molekylärbiologi är indelad i sju forskningsprogram som vart och ett fokuserar på olika områden inom cell- och molekylärbiologi: beräkningsbiologi och bioinformatik, mikrobiologi och immunologi, molekylärbiologi, molekylär biofysik, molekylär evolution, molekylär systembiologi och strukturbiologi. Den vetenskapliga grunden för det vi gör ligger inom biologin, men vår forskning överlappar med andra områden som medicin, datavetenskap, matematik, kemi, ingenjörsvetenskap och fysik. Institutionen har över 200 anställda, varav ett 500-tal doktorander. Läs gärna mer om vårt arbete på https://icm.uu.se.

Programmet för beräkningsbiologi och bioinformatik https://www.uu.se/institution/cell-och-molekylarbiologi/forskning/berakningsbiologi-och-bioinformatik huserar forskning inom såväl tillämpad som teoretisk biokemi. Några viktiga ämnen är utveckling av grundläggande metoder samt tillämpningar inom enzymfunktion och läkemedelsutveckling. Nu finns det två öppna doktorandplatser i forskargruppen som leds av Prof. David van der Spoel och vi välkomnar motiverade personer att söka tjänsten för att stärka gruppen. Som doktorand kommer du utbildas i toppmodern forskning inom beräkningskemi och maskininlärning, i mjukvaruutveckling och mjukvaruhantering, samt i vetenskaplig presentation, såväl skriftlig som muntlig.

Arbetsuppgifter
Du kommer arbeta med att utveckla nya fysikaliska modeller för organiska molekyler, inklusive biomolekyler från scratch. För ändamålet kommer du använda vår egen kod, Alexandria Chemistry Toolkit,  https://github.com/AlexandriaChemistry som är en maskin-inlärningskod för att framställa kraftfält baserat på kvantkemiska data. Koden distribueras som öppen källkod. Kodutveckling i C++ och Python ingår som en naturlig del i projektet och detta är nödvändigt båda för att introducera ny fysik i koden och för att hantera stora mängder data för att utvärdera och validera koden och modellerna. De nya kraftfälten kommer att tillämpas i problem från ekotoxikologi till studier av crowding inuti celler. En uppgift som tillkommer är att vara labbassistent på undervisning i kurser till högst 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• - avlagt examen på avancerad nivå inom X, eller
• - fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• - på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Även om doktorandutbildning är individuell, så kräver mjukvaruutveckling och hantering lagarbete. Av den anledningen söker vi nya gruppmedlemmar med bra samarbets- och kommunikationsförmåga. Du behöver behärska det engelska språket och ha utmärkta färdigheter i åtminstone ett av programmeringsspråken C++ eller Python.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Meriterande kvalifikationer:
-    bra färdigheter i båda C++ och Python
-    dokumenterade färdigheter i data science, inklusive maskininlärning och artificiell intelligens
-    bra kunskaper inom organisk kemi, fysikalisk kemi eller molekylär fysik 
-    dokumenterad erfarenhet av att arbeta med Linux eller kommandoradbaserad datoranvändning 
-    dokumenterad erfarenhet av att använda högpresterande beräkningskluster
-    dokumenterad erfarenhet av mjukvaruutveckling (helst i lag)

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.https://regler.uu.se/?languageId=3

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 2025-09-01 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala 

Upplysningar om anställningen lämnas av: Prof. David van der Spoel, +4618 471 4205, email: david.vanderspoel@icm.uu.se 

Välkommen med din ansökan senast den 15 maj 2025, UFV-PA 2025/963.