1-2 st Forskningsassistenter bioinformatik eller datavetenskap - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl. a cancer, genetiska och autoimmuna sjukdomar. En av de bärande tankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed främja en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom sex forskningsprogram: cancerprecisionsmedicin, cancerimmunterapi, genomik och neurobiologi, molekylära verktyg och funktionsgenomik, neuroonkologi och neurodegeneration samt vaskulärbiologi. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar, fristående kurser och internationella masterprogram inom den medicinska fakulteten och det teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 550 miljoner kronor, varav ca två tredjedelar är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 400, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 850 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.uu.se/medarbetare/institution/immunologi-genetik-och-patologi

Arbetsuppgifter:
Vi söker en forskarassistent inom beräkningsbiologi, bioinformatik eller data Vetenskap. Forskargruppen är kopplad till SciLifeLab och ingår i Nationella programmet för Datadriven Life Science (DDLS), generöst finansierat av Knut och Alice Wallenberg Grund. Kandidaten kommer att arbeta i Marcel Tarbiers labb (https://www.scilifelab.se/researchers/marcel-tarbier/).
Vår forskning är inriktad på utveckling av beräkningsmetoder (statistiska metoder och maskininlärning) för encellsgenexpressionsdata (som encellig RNA-sekvensering, rumslig transkriptomik och in situ-sekvensering) för att härleda komplexa cellegenskaper. De två huvudsakliga projekt i labbet syftar till att sluta sig till cellulära härstamningsförhållanden och cellulära mikromiljöer respektive. Detta uppnås genom ett datadrivet tillvägagångssätt, där stora komplexa datamängder är kvantitativt dissekerad och subtila signaturer är kopplade till ytterligare observationer. Detta i sin tur lägger grunden för tillämpningar inom precisionsmedicin relaterade till humanbiopsier och cancerheterogenitet. Kandidaten kommer att få möjlighet att bidra till olika projekt under ledning av seniora forskare, för att utveckla och följa upp sina egna idéer och att utöka sina färdigheter i skärningspunkten mellan matematik, programmering och biologi.

Kvalifikationskrav:
Magisterexamen i beräkningsbiologi, bioinformatik, biostatistik, datavetenskap, tillämpad statistik, maskininlärning, bioteknik, molekylärbiologi/medicin eller motsvarande eller en utländsk examen motsvarande en magisterexamen.
Kunskaper i skärningspunkten mellan matematik, programmering och biologi krävs. Den sökande bör ha erfarenhet inom två av dessa områden och ett intresse av att lära sig om de återstående.
Kandidaten krävs för att kunna arbeta med R eller python programmering samt vissa erfarenhet av att skriva originalkod för dataanalys och/eller implementera och justera befintliga analyspipelines. Viss erfarenhet av statistik, hantering av dataset, dataanalys och visualisering förväntas. Flytande engelska i tal och skrift är ett krav.

Önskvärt och/eller meriterande i övrigt:
- Erfarenhet av omics-data (t.ex. RNA-seq, proteomics, etc.) och nedströms analyser (t.ex. dimensionsreduktion, anrikningsanalys, etc.)
- Erfarenhet av encellig RNA-sekvensering, rumslig transkriptomik eller in situ sekvensering
- Erfarenhet av att hantera komplexa data och tekniska och andra fördomar
- Erfarenhet av dataintegration, maskininlärning eller RNA-pseudotid och hastighet analyser

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, 6 månader med möjlighet till förlängning. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Marcel Tarbier, marcel.tarbier@igp.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 31 mars 2025, UFV-PA 2025/688.