Projektassistent inom bioinformatik, vikariat, till NGI Uppsala, SNP&SEQ

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

SNP&SEQ-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 60 000 prover och genererar mer än 400 Terabaser data. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på: https://www.uu.se/forskning/snpseq

SNP&SEQ strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Är du intresserad av att arbeta forskningsnära, stödja ett stort forskningsfält och arbeta med grundläggande bioinformatik? Vill du vara en del av ett dynamiskt och framåtriktat team? Då är du välkommen att ansöka om tjänsten som vikarierande projektassistent.

Arbetsuppgifter

• Bearbeta sekvensdata från storskaliga sekvensinstrument till fastq
• Kvalitetskontroll och primära bioinformatiska analyser av sekvensdata i service-projekt.
• Leverans av data till uppdragsgivare.
• Beroende på den sökandes kompetens och erfarenhet kan arbetsuppgifterna också komma att omfatta utvecklings-, förbättrings- och valideringsarbete i befintliga system för dataprocessning och analys.

Kvalifikationskrav

• Universitets- eller högskoleexamen inom bioinformatik, molekylärbiologi, bioteknologi eller liknande områden, alternativt motsvarande kvalifikationer genom kurser och erfarenhet.
• Mycket stor datorvana.
• Erfarenhet av arbete i Linux/Unix-miljö.
• Förmåga att snabbt lära sig nya färdigheter.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Erfarenhet av programmering i Python.
• Erfarenhet av shell-skriptning i Linuxmiljö.
• Erfarenhet av dataanalys med hjälp av R-paket.
• Erfarenhet av användande av datorkluster för exempelvis storskaliga beräkningar eller dataanalys.
• Erfarenhet från analys av data från storskalig sekvensering (tex helgenom, exon eller RNA-seq) och kunskap om sekvenseringsteknologier (Illumina, PacBio, ONT).
• Kunskap i metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik (tex PCR, DNA/RNA-sekvensering, SNP-genotypning etc).
• Erfarenhet av versionskontroll med GitHub.
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.
• Erfarenhet av arbete i ackrediterad miljö.

Om anställningen 
Anställningen är ett tidsbegränsat vikariat 12 månader. Omfattningen är heltid. Tillträde början av mars eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, kristina.larsson@medsci.uu.se, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 4 februari 2025, UFV-PA 2025/139.