MSCA doktorand i biokemi

MSCA doktorand i biokemi

Institutionen för kemi – BMC bedriver forskning och utbildning inom analytisk kemi, biokemi och organisk kemi. Drygt 100 personer, varav ca 45 doktorander, arbetar vid institutionen. Nya medarbetare och studenter rekryteras från hela världen och engelska är det huvudsakliga arbetsspråket. Institutionen är belägen vid Biomedicinskt Centrum i Uppsala där det finns goda möjligheter till samarbeten med forskargrupper inom biologi, farmaci, medicin och SciLifeLab, samt tillgång till avancerad infrastruktur för experimentella och teoretiska studier. Den internationella miljön och möjligheterna till tvärvetenskapliga samarbeten ger forskarstuderande vid institutionen goda möjligheter att medverka i relevanta forskningsprojekt och förbereda sig för en internationell forskningskarriär.

Läs mer om forskningen vid Inst. för kemi – BMC på vår hemsida.

Över 50% av mänskliga proteiner anses vara "odrogbara" med klassiska små molekyler. Av särskild betydelse är intracellulära proteiner som saknar klassiska bindningsfickor. Selektiv bindning med hög affinitet till den plana ytan på sådana proteiner kräver större molekyler, bland vilka makrocykler är särskilt intressanta. Det är emellertid en utmaning att utveckla stora makrocykler som samtidigt binder till sina målproteiner, visar membranpermeabilitet och tillräckligt hög vattenlöslighet. Vår huvudmålsättning är att få ökad förståelse för struktur-egenskapsförhållandena för makrocykliska läkemedel, för att utveckla de principer som krävs för framgångsrik design av nya makrocykliska läkemedel, för behandling av hittills obehandlingsbara sjukdomar.

Detta projekt är en del av det Europeiska doktorandnätverket Macrocycles for Drug Discovery (MC4DD) med en doktorandanställning som finansieras av EU:s Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA). Doktoranden kommer att arbeta i ett internationellt tvärvetenskapligt utbildningsnätverk som involverar 8 akademiska och 5 industriella partners, inklusive kurser och forskningsvistelser vid topprankade europeiska universitet och industripartners.

Förstå makrocyklers cellpermeabilitet genom maskininlärning
Målen för detta delprojekt är att använda maskininlärning för att utveckla snabba och noggrann klassificerings- och regressionsmodeller för att förutsäga makrocykelns cellpermeabilitet, och att använda och förbättra de senaste maskininlärningsteknikerna för att identifiera de viktigaste parametrarna i de utvecklade modellerna. Doktoranden kommer att få utbildning i bestämningen av cellpermeabilitet över Caco-2-celler, i att karakterisera lipofilicitet, polaritet och kameleonicitet, i användningen av prinicipalkomponentanalys (PCA) och andra maskininlärningsmetoder för att välja 2D- och 3D-deskriptorer för modellbyggnad, i byggandet av teoretiska modeller för cellpermeabilitet med hjälp av diverse maskininlärningsmetoder, i användningen av dataanalysmetoder som PLS, PCA och klustring för att ge insikt i den effektiva uppsättningen av deskriptorer som styr modeller, samt i att bestämma i vilken utsträckning de utvalda makrocykler beter sig som molekylära kameleonter.

Arbetsuppgifter
Huvuduppgiften för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning vilket innefattar såväl deltagande i forskningsprojekt som forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan det även ingå undervisning och annat institutionsarbete, dock max 20% av arbetstiden.

Kvalifikationskrav

• Behörighet till utbildning på forskarnivå har den som fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kompetenser. Mer information om behörighetskraven finns här.
• Särskild behörighet till utbildning på forskarnivå i biokemi har den som avlagt godkända prov på kurser i biokemi eller på kurser inom för biokemi relevanta områden omfattande minst 120 högskolepoäng eller motsvarande. Dessa kurser skall innefatta minst 90 högskolepoäng i kemi, varav minst 45 högskolepoäng i biokemi och där minst 15 högskolepoäng skall utgöras av examensarbete i biokemi. Mer information om de ämnesspecifika kraven finns här.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift. Det är önskvärt att du har en masterexamen inom organisk eller medicinsk kemi, farmaci eller har liknande erfarenhet.
• Kunskap och praktisk erfarenhet av maskininlärning och/eller arbete med humana cellinjer kommer att ses som starka meriter.
• Detta projekt kräver att du kan arbeta självständigt, samt att du har utmärkta samarbetsförmågor eftersom projektet kräver att du kan samarbeta med forskare från andra universitet och industrin.
• Du bör ha relevanta vetenskapliga erfarenheter för projektet.
  
  Eftersom tjänsten finansieras av EU’s Marie Skłodowska Curie Action (MSCA) finns särskilda behörighetskrav med avseende på mobilitet. Sökande får inte ha studerat eller arbetat i Sverige mer än 12 månader under de senaste 36 månaderna. Vänligen se MSCA:s regler för doktorandnätverk för detaljer. Doktoranden kommer även att väntas åka på längre vistelser hos andra partners inom nätverket.

Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom god samarbetsförmåga, motivation och självständighet, samt hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha de förmågor som krävs för att kunna tillgodogöra sig och utvecklas inom forskarutbildningen.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Urvalet av sökande kommer att baseras på grundutbildningsbetyg, grundutbildningens profil och eventuell ytterligare forskningserfarenhet inom områden av relevans för forskningsprojektet. Sådan ytterligare erfarenhet ska tydligt framgå och inkluderas i din ansökan, till exempel genom artiklar publicerade i internationella granskade tidskrifter eller genom anställning vid företag eller andra institutioner verksamma inom det specifika forskningsområdet. Stor vikt kommer att läggas vid personliga kvalifikationer som krävs för projektet.

Vid tillsättningen av dessa tjänster strävar vi efter att rekrytera de personer som, i en kombinerad utvärdering av kompetens, färdigheter och dokumenterade kvalifikationer, bedöms vara mest lämpade att genomföra och utveckla det aktuella projektet samt bidra till en positiv utveckling av institutionen.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Mate Erdelyi (e-mail: mate.erdelyi@kemi.uu.se, +46729999166).

Välkommen med din ansökan senast den 3 februari 2025, UFV-PA 2025/30.