Bioinformatiker till NGI Uppsala, SNP&SEQ

Bioinformatiker till NGI Uppsala, SNP&SEQ

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

SNP&SEQ-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till uppdragsgivare inom svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Verksamheten består av en multidisciplinär grupp av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 50 000 prover och genererar mer än 350 Terabaser data till våra uppdragsgivare. Datahantering sker i huvudsak på ett dedikerat kluster specificerat för hantering av känsligt data. Klustret (Miarka) är lokaliserat vid UPPMAX, men även lokala servrar används. Mer om SNP&SEQ:s verksamhet finns att läsa på: https://snpseq.medsci.uu.se/ 

SNP&SEQ strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är stolta över att vara certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Om du har en stark bakgrund inom bioinformatik, erfarenhet av att arbeta med sekvenseringsdata och en önskan att vara en del av ett dynamiskt och framåtriktat team är du välkommen med din ansökan. Vi söker en erfaren bioinformatiker för att arbeta med att utveckla, underhålla och tillämpa såväl befintliga som framtidens verktyg för bioinformatikanalyser i vår verksamhet.

Arbetsuppgifter

Dina arbetsuppgifter kommer bland annat att omfatta följande:

• Utveckla och implementera dataverktyg och arbetsflöden för bioinformatiska analyser.
• Analysera data från interna valideringar av nya laboratoriemetoder, bioinformatiska verktyg och interlaborativa jämförelser, samt delta i att skriva rapporter med resultaten.
• Delta i projektplaneringsmöten med uppdragsgivare och där bidra med kompetens kring bioinformatiska frågeställningar.
• Bioinformatiska analyser av sekvens- och genotypdata i service-projekt.
• Samarbete med UPPMAX, andra SciLifeLab-verksamheter och andra aktörer med likvärdig verksamhet.

Kvalifikationskrav

• Universitets- eller högskoleexamen i bioinformatik, molekylärbiologi, genetik eller liknande område.
• Några års dokumenterad arbetslivserfarenhet inom bioinformatik.
• Goda kunskaper i bioinformatik inom genomik och storskalig sekvensering (NGS).
• Goda programmeringskunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk.
• God vana av arbete i linuxmiljö och i HPC system.
• Erfarenhet i användning av Git.
• God förmåga att hantera och prioritera uppgifter effektivt.
• God förmåga att identifiera och lösa problem under dataanalys självständigt.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Vi söker en person som är utåtriktad, initiativtagande, ansvarskännande, har öga för detaljer och är bekväm med att arbeta både självständigt och i grupp. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom positiv attityd till serviceverksamhet och god samarbetsförmåga.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden:

• Doktorsexamen inkluderande bioinformatik med fokus på genomik, genetik eller liknande område.
• Erfarenhet av användning av Nextflow.
• Erfarenhet av arbete i en forskningsnära servicefacilitet.
• God förståelse för hur preanalytiska och laborativa metoder kan påverka datakvalitet.
• Kvalitetskontroll och analys av storskalig genotypningsdata.
• Vana att arbeta i ackrediterad miljö (eller annan motsvarande reglering).
• God förståelse av informationssäkerhet och GDPR

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare (provanställning kan tillämpas). Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, kristina.larsson@medsci.uu.se 070-1679451, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se

I denna rekrytering har vi ersatt det personliga brevet med frågor som du besvarar i samband med din ansökan. Svaren kommer att användas som en del i urvalsprocessen.

Välkommen med din ansökan senast den 6 maj 2024, UFV-PA 2024/1310.