Uppsala universitet, Institutionen för cell- och molekylärbiologi

Institutionen för cell- och molekylärbiologi (ICM; https://www.icm.uu.se) är en av de mest internationella, breda och framstående biomolekylära institutionerna i Europa. Institutionens forskningsområden är indelade i sju forskningsprogram som täcker allt från cellbiologi till biofysik av enskilda molekyler. Den person vi söker kommer att vara placerad vid Institutionen för cell- och molekylärbiologi och knuten till National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) och Science for Life Laboratory (SciLifeLab). 

NBIS tillhandahåller bioinformatiksupport och infrastruktur till forskare inom livsvetenskaperna. NBIS har ca 100 experter över hela landet inom olika områden såsom DNA-, RNA- och proteinanalyser, systembiologi, genomanalyser, masspektrometri-proteomik, metabolomik. NBIS har också experter inom systemutveckling och datahantering. NBIS utgör den svenska noden i den europeiska infrastrukturen ELIXIR för biologiska data. Mer information om NBIS finns på https://nbis.se.

Arbetsuppgifter: Huvuddelen av arbetet består i att tillhandahålla bioinformatisk support på nationell nivå till svenska forskare, framför allt inom genomik- och cancer-relaterad bioinformatik, huvudsakligen inom humandata. Även annan sekvensbaserad bioinformatik, och/eller programmering, kan ingå i tjänsten. Ansvarsområden inkluderar avancerade analyser av data, kommunikation med våra användare, eget lärande om nya metoder, rapportskrivande och undervisning. Härtill kommer nationell koordinering av bioinformatiksupport i nära samverkan med lokala faciliteter vid respektive universitet. I detta arbete ingår regelbundna kontakter med NBIS:s lokala koordinatorer vid respektive universitet.

Kvalifikationskrav:

  • Masterutbildning i bioinformatik.
  • Gedigen erfarenhet (minst 5 år) av avancerade analyser av genomikdata, framför allt i variantanalys, allelspecifik kopietalsanalys och strukturell analys av helexom- och helgenomsekvenseringsdata.
  • Djup kunskap i att analysera känsliga data samt cancerdata och analys av befintliga kontrollerade dataset, tex TCGA.
  • Goda kunskaper i R, liksom god förmåga att arbeta i terminalbaserad Linux-miljö och med storskaliga datorkluster (HPC).
  • Erfarenhet av pipeline, containers och versionshantering, tex git.
  • En ledande roll i metodutvecklingsprojekt av offentliga verktyg inom bioinformatik.
  • Minst 5 års erfarenhet från arbete med nationell forskningsinfrastruktur.
  • Erfarenhet av supportprojekt i samarbete med företag.
  • Erfarenhet av ackrediterad bioinformatisk verksamhet.
  • Ledande ansvarig roll i samordning, genomförande, utlärande och kursmaterial inom undervisning och avancerade forskarutbildningskurser, på såväl nationell som internationell nivå.
  • Dokumenterad förmåga att jobba reproducerbart är viktigt då arbetet ofta innefattar samarbete med andra experter inom NBIS och med våra användare.
  • Mycket god förmåga att arbeta i en serviceinriktad miljö, både i samarbete och självständigt.
  • Utmärkt talad och skriven engelska krävs.

Vi söker en medarbetare med utmärkt kommunikationsförmåga, eftersom arbetet innebär samarbete med forskare inom olika vetenskapliga discipliner och olika bioinformatikkunnande. I arbetet ingår också interaktioner med personer på såväl ledningsnivå som verksamhetsnivå vid de olika universiteten. Den vi söker är serviceinriktad med god vilja till dialog och lagarbete. Eftersom NBIS:s verksamhet är nationell är kommunikation och koordination en viktig del av arbetet. Stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet och egenskaper såsom lyhördhet samt god organisations- och samarbetsförmåga. 

Önskvärt/meriterande i övrigt: 

  • Erfarenhet av storskaliga datorberäkningar (HPC) med känsliga data.
  • Erfarenhet av applikationsexpertarbete i stordatormiljö.

Lön: Individuell lönesättning.

Tillträde: Snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan tillämpas.

Anställningens omfattning: 100 %.

Upplysningar om anställningen lämnas av:  professor Bengt Persson, e-post bengt.persson@icm.uu.se.

Välkommen med din ansökan senast den 27 maj 2021, UFV-PA 2021/1917.

Anställningsform Tillsvidareanställning
Anställningens omfattning Heltid
Tillträde Snarast
Löneform Individuell lönesättning
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100%
Ort Uppsala
Län Uppsala län
Land Sverige
Referensnummer UFV-PA 2021/1917
Facklig företrädare
  • Seko Universitetsklubben, seko@uadm.uu.se
  • ST/TCO, tco@fackorg.uu.se
  • Saco-rådet, saco@uadm.uu.se
Publicerat 2021-05-13
Sista ansökningsdag 2021-05-27

Tillbaka till lediga jobb