Doktorand i molekylär evolution - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för ekologi och genetik utlyser en doktorandtjänst i molekylär evolution till programmet för evolutionsbiologi.

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med drygt 200 medarbetare. Vid institutionen bedrivs forskning och undervisning i skärningspunkten mellan ekologi, evolution och genomik. Se vidare www.ieg.uu.se.

Projektbeskrivning: Ett av huvudmålen i evolutionär genetik är att förstå den molekylära basen och mekanismerna för fenotypisk variation och differentiering mellan arter. Två klassiska kandidater bakom fenotypisk förändring är proteinkodande sekvenser och funktionella sekvenser som reglerar genuttryck. Här kan förändringar av själva DNA sekvensen eller epigenetiska modifieringar påverka fenotypen. Den relativa betydelsen av de två sekvensklasserna och rollen av epigenetiska modifikationer är emellertid fortfarande oklar. Flugsnappare är ett bra modellsystem för att studera denna fråga. Halsbandsflugsnappare (Ficedula albicollis) och svartvit flugsnappare (Ficedula hypoleuca) har varit en modell av forskning inom artbildning i årtionden, och det finns en rik källa till genomisk, transkriptomisk och epigenomisk data. I synnerhet ger data om naturligt förekommande hybrider möjlighet att studera den molekylära basen och mekanismerna för reproduktiv isolering i en ekologiskt relevant miljö. Dessutom tillåter genomiska data från den mer avlägset besläktade tajgaflugsnappare (Ficedula albicilla) att studera molekylär utveckling även över större tidsskalor.

Arbetsuppgifter: Till början av projektet kommer du att identifiera och karakterisera genregulatoriska element i halsbandsflugsnapparens genom. Dessutom kommer du att koppla ihop genregulatoriska element med deras målgener. För detta ändamål kommer du att använda bioinformatiska metoder och metoder som bygger på maskininlärning för att analysera en rik källa av genomiska, transkriptomiska och epigenetiska data. Denna undersökning kommer att utgöra bakgrunden för all efterföljande analys. Du kommer sedan att utföra jämförande analyser mellan populationer av flugsnappare kopplat till artbildning och evolution över längre tidsperspektiv. Projektets slutgiltiga mål är att få en begreppsmässig förståelse för molekylär evolution och anpassningens roll vid olika evolutionära tidsskalor och nivåer. Det gäller såväl genetiska som epigenetiska förändringar i proteinkodningssekvenser, genregulatoriska element och transposabla element. Du kommer att tillägna dig spetskompetens inom bioinformatik och statistisk analys. Dessutom kommer projektet att involvera matematisk modellering. 

Kvalifikationskrav: Masterexamen, eller en utländsk examen som bedöms motsvara masterexamen, inom matematik, bioinformatik eller biologi vid tidpunkten för tillsättningen. Den sökande med matematisk bakgrund ska ha intresse för molekylär evolution och populationsgenetik, och vara beredd att tillägna sig relevanta färdigheter inom bioinformatik. Den sökande med bioinformatisk eller biologisk bakgrund ska vara beredd att tillägna sig relevanta färdigheter inom datavetenskap, statistik och matematik. Kandidaten ska ha förmåga att uttrycka sig flytande på engelska, i såväl tal som i skrift. Dessutom ska kandidaten kunna arbeta självständigt, ha god samarbetsförmåga och vara skicklig på att kommunicera (både skriftligt och muntligt). Kandidaten ska ha integritet och personlig mognad, kunna ta initiativ och hantera motgångar.

Meriterande: Färdigheter i datavetenskap, statistik och matematik före doktorandtjänsten är önskvärda. Kreativitet är meriterande.

Anställningen: Forskarutbildningen omfattar fyra års heltidsstudier. Anställningen kan komma att kombineras med undervisning eller annan institutionstjänstgöring (maximalt 20 %), vilket förlänger anställningen med motsvarande tid. Lokala riktlinjer finns fastställda för löneinplacering. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer http://regler.uu.se/. Mer information om forskarutbildning finns under http://www.teknat.uu.se/utbildning/forskarniva/

Instruktioner för ansökan: Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kort beskrivning av din utbildning, 4) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats (om pågående, ange datum för slutförande) 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer), och 6) eventuella publikationer. Ansökan ska skrivas på engelska.

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander och amanuenser).

Tillträde: Enligt överenskommelse, tidigast från och med oktober 2019.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Carina Farah Mugal, carina.mugal@ebc.uu.se, +46 18 471 46 17.

Välkommen med din ansökan senast 2019-05-13. UFV-PA 2019/1206.