Doktorandplats i cellulär RNA-strukturell biologi/biofysik

Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala universitet erbjuder en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Forskningen vid IMBIM spänner över områden som jämförande och evolutionär genomik, funktionell genomik, biokemi, cell- och molekylärbiologi, immunologi och mikrobiologi. Forskningen är grundläggande men har relevans och tillämpning inom hälsa och sjukdom hos både djur och människor. Mer information: Forskning – Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi – Uppsala universitet

Vi söker en mycket motiverad doktorand till projektet ”Cellulär strukturell biologi / biofysik”, lett av professor Katja Petzold, med fokus på RNA:s strukturell dynamik och reglering i levande celler. Doktoranden kommer att vara placerad vid Biomedicinskt Centrum (BMC), Uppsala, Sverige.

Projektbeskrivning

RNA-molekyler är centrala regulatorer av cellulära funktioner, men deras strukturer och funktioner är fortfarande relativt lite utforskade. Vår forskargrupp har visat att RNA-funktion är nära kopplad till dess förmåga att anta flera strukturella tillstånd och att växla mellan dessa. Ett centralt mål i laboratoriet är att studera dessa dynamiska RNA-konformationsensembler i en mer komplex, intracellulär miljö, där cellulära interaktioner kan påverka varje konformation och styra strukturella övergångar.

I detta projekt kommer doktoranden att studera RNA:s strukturella jämvikter i celler med hjälp av en kombination av:

• RNA-strukturell probning (SHAPE-MaP / DMS-MaP / RABS)
• Avancerad NMR-spektroskopi, inklusive in-cell NMR, lösnings-NMR (relaxationsdispersions-experiment) samt fastfas-DNP-förstärkt MAS-NMR
• Beräkningsmodellering och kvantitativ analys av RNA-konformationsensembler
• Biofysiska och biokemiska metoder för att studera RNA-protein- och RNA-ligandinteraktioner
• Funktionella analyser av olika konformationer i skilda cellulära system (från virus och bakterier till humana celler)

Beroende på intresse och kompetens kan doktoranden arbeta med ett eller flera biologiska system, exempelvis regulatoriska mikroRNA, ribosomala RNA-element eller virala RNA-motiv. Det övergripande målet är att förstå hur RNA-strukturer förändras i celler, identifiera vad som triggar dessa strukturella övergångar och klarlägga de molekylära mekanismer genom vilka RNA-dynamik reglerar genuttryck.

Arbetsuppgifter

Doktorandens huvudsakliga arbetsuppgift är att ägna sig åt forskarutbildning, vilket inkluderar deltagande i forskningsprojekt samt forskarutbildningskurser. I arbetsuppgifterna kan även undervisning och annat institutionsarbete ingå, dock högst 20 % av heltid.

Behörighetskrav

För att uppfylla behörighetskraven till forskarutbildning ska du ha:

• avlagt examen på avancerad nivå i kemi, biokemi, molekylärbiologi, biofysik, strukturell biologi eller närliggande område, med tydligt fokus på RNA, eller fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller på annat sätt förvärvat, i huvudsak motsvarande kunskaper, som finns dokumenterat på lämpligt sätt.

Du ska även ha:

• dokumenterad laboratorieerfarenhet av biomolekyler, nukleinsyrabiokemi eller RNA-molekylärbiologi
• mycket god förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på engelska
• stark förmåga att självständigt initiera, genomföra och slutföra forskningsprojekt
• kreativitet, problemlösningsförmåga och god samarbetsförmåga

Meriterande i övrigt

Det är meriterande om du har:

• dokumenterade färdigheter inom programmering och/eller avancerad dataanalys (Python, R, MATLAB eller liknande)
• erfarenhet av analys av nästa generations sekvenseringsdata (NGS)
• erfarenhet av strukturell biologi eller biofysiska metoder (t.ex. NMR, spektroskopi, RNA-probning, kristallografi, cryo-EM, fluorescens)
• kunskaper inom maskininlärning, statistisk modellering eller bioinformatiska pipelines samt hantering av stora datamängder
• ett starkt intresse för RNA-struktur, konformationsdynamik och kvantitativ modellering

Urvalet baseras på följande kriterier

Urvalet baseras på uppfyllelse av ovanstående kvalifikationer, betyg i relevanta kurser, kursernas relevans för forskningsprojektet samt tidigare erfarenhet av arbete och forskning inom området. En samlad bedömning görs för att anställa den kandidat som bedöms ha bäst förutsättningar att genomföra forskarutbildningen framgångsrikt och bidra positivt till forskningsmiljön. Särskild vikt läggs vid personliga egenskaper såsom analytisk förmåga, motivation, kreativitet, problemlösningsförmåga, flexibilitet och samarbetsförmåga.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Om anställningen

Anställningen är en tidsbegränsad doktorandanställning enligt Högskoleförordningen kap. 5 § 7. Sysselsättningsgrad: 100 %. Tillträde enligt överenskommelse. Placering: Uppsala.

För ytterligare information, kontakta: Professor Katja Petzold, katja.petzold@imbim.uu.se

Ansökan skickas in via Uppsala universitets rekryteringssystem och ska innehålla:

• CV (max 2 sidor)
• Personligt brev där du beskriver dig själv, dina forskningsintressen och färdigheter samt varför du vill bedriva forskarutbildning inom RNA-strukturell biologi (max ½ sida)
• Dina reflektioner kring användning av AI/LLM i forskning samt hur du har använt detta i samband med ansökan (max ½ sida)
• Examensarbete på avancerad nivå (eller utkast) eller annan egenproducerad vetenskaplig/teknisk text
• Eventuella publikationer
• Kopior av betyg och examensbevis
• Namn och kontaktuppgifter (e-post och telefonnummer) till två referenspersoner

Välkommen med din ansökan senast den 20 februari 2026, UFV-PA 2026/318.