Bioinformatiker, inriktning mot systemutveckling till NGI Uppsala, SNP&SEQ - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

SNP&SEQ-teknologiplattformen vid IMV är en del av den Nationella Infrastrukturen för Genomik (NGI) vid SciLifeLab i Uppsala. Vi erbjuder storskalig service inom sekvensering (NGS), SNP-genotyping och proteomik till svensk akademi, industri och internationella uppdragsgivare. Vår multidisciplinära grupp består av forskare, projektkoordinatorer, forskningsingenjörer, bioinformatiker, systemutvecklare och systemadministratörer. Årligen analyserar vi mer än 60 000 prover och genererar mer än 400 Terabaser data. Mer om SNP&SEQ:s och NGI:s verksamhet finns att läsa på: https://www.uu.se/forskning/snpseq och https://ngisweden.scilifelab.se/

SNP&SEQ strävar alltid efter att leverera data av högsta kvalitet och vi är certifierade enligt den europeiska kvalitetsstandarden ISO/IEC 17025 och ackrediterade av SWEDAC som ett provningslaboratorium.

Vi söker nu en teknikdriven bioinformatiker till vår Data Operations-grupp. Gruppen jobbar med bioinformatiska analyser och underhåll, utveckling och driftsättning av våra system för att säkerställa en smidig, effektiv och säker datahantering i verksamheten.

Arbetsuppgifter

Dina ansvarsområden kommer att omfatta men inte vara begränsade till:

• Designa, utveckla och underhålla open-sourcesystem för processning och analys av storskalig genomikdata.
• Hantera data på vårt dedikerade säkra kluster Miarka vid UPPMAX samt på lokala servrar.
• Automatisera datahantering och integrera system för spårbarhet i laborativa flöden (prover, steg, reagenser), dokumenthantering och visualisering av nyckeltal (KPI:er).
• Utveckla och underhålla interna system, såsom LIMS (Laboratory Information Management System) och befintliga DevOps-lösningar (tex. Ansible, GitLab).
• Upprätta, underhålla och validera systemdokumentation.
• Samarbeta nära med Uppsala universitets IT, UPPMAX och andra SciLifeLab-verksamheter (tex. NBIS).

De system och verktyg du kommer arbeta med ofattar bland annat Arteria (https://github.com/arteria-project), CheckQC (https://github.com/Molmed/checkQC), nf-core pipelines (https://nf-co.re/) och Nextflow.

Är du intresserad av att arbeta forskningsnära och stödja ett brett forskningsfält? Trivs du i en dynamisk och framåtriktad miljö där du både kan använda och utveckla dina tekniska färdigheter? Då kan denna tjänst vara rätt för dig.

Kvalifikationskrav

• Universitets eller högskoleexamen i bioinformatik, datavetenskap, IT eller liknande område.
• Minst tre års dokumenterad arbetslivserfarenhet från boinformatikrelaterad systemutveckling.
• Utmärkta kunskaper i Python eller liknande programmeringsspråk.
• Erfarenhet i användning av Git för versionshantering.
• Förmåga att snabbt lära sig nya färdigheter.
• Hög kompetens i Unix/Linux-miljö.
• Mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift.

Önskvärt/meriterande i övrigt

Utöver de kvalifikationskrav som listas ovan ser vi gärna tidigare erfarenhet från ett eller flera av följande områden:

• Doktorsexamen i genomik, genetik eller liknande område, inklusive bioinformatiskt arbete.
• Erfarenhet från utveckling av pipelines för datahantering såsom Nextflow eller liknande system.
• Datorkluster och distribuerade system.
• Virtuella miljöer, tex Docker eller Apptainer.
• Metoder för driftsättning av programvara (tex Ansible) och kontinuerlig integration.
• Kännedom om metoder och tillämpningar inom molekylärbiologi och genetik.
• Förståelse för informationssäkerhet.
• Agila metoder/scrum.
• ELK stack eller liknande loghanteringssystem.
• Erfarenhet från LIMS-utveckling.
• Erfarenhet av datahantering mot publika databaser för FAIR datahantering såsom ENA eller ArrayExpress
• Erfarenhet från att arbeta kvalitetssäkrat enligt till exempel ISO 17025 eller ISO 27001.
• Goda kunskaper i svenska i tal och skrift.

Om anställningen 
Anställningen är tillsvidare, 6 månaders provanställning kan komma att tillämpas. Omfattningen är heltid Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Kristina Larsson, gruppchef Data Operations, kristina.larsson@medsci.uu.se, Ulrika Liljedahl, enhetschef SNP&SEQ, ulrika.liljedahl@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 29e september 2025, UFV-PA 2025/2703.