Doktorand i populationsgenomik

Vid institutionen för organismbiologi bedriver vi undervisning och forskning om evolution, utveckling och funktion på organismnivå. Vi studerar också de djupaste förgreningarna i livets träd med hjälp av bioinformatik och experimentella molekylära tekniker. Forskning om hur kemikalier av antropogent ursprung interagerar med cellfunktioner och ger upphov till långvariga hälsoeffekter på människor och djur utförs också. För mer information se www.iob.uu.se.

Datadriven livsvetenskap (DDLS) använder data, beräkningsmetoder och artificiell intelligens för att studera biologiska system och processer på alla nivåer, från molekylära strukturer och cellulära processer till människans hälsa och de globala ekosystemen. SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för  datadriven livsvetenskap  (DDLS) har som mål att rekrytera och utbilda nästa generations forskare inom datadriven livsvetenskap och skapa globalt ledande kompetens inom beräknings- och datavetenskap för livsvetenskap i Sverige. Programmet har 3,3 miljarder SEK i finansiering under 12 år från Knut och Alice Wallenbergs stiftelse.

Under 2025 kommer DDLS forskarskola att rekrytera 19 akademiska- och 7 industridoktorander. Under programmets gång kommer mer än 260 doktorander och 200 postdoktorer att vara en del av forskarskolan. DDLS-programmet har fyra strategiska forskningsområden: Datadriven precisionsmedicin och diagnostik, Datadriven smittspridning och infektionsbiologi, Datadriven cell- och molekylärbiologi samt Datadriven evolution och biodiversitet. För mer information, se https://www.scilifelab.se/data-driven/ddls-research-school/.

Livsvetenskapens framtid är datadriven. Kommer du att leda den förändringen med oss?

Ansök nu!

Om projektet
Till Uppsala Universitet, Institutionen för organismbiologi söker vi en doktorand inom Datadriven evolution och biodiversitet. Datadriven evolution och biodiversitet omfattar forskning som drar nytta av de massiva dataströmmarna från tekniker som storskalig genom- och biomsekvensering, kontinuerlig inspelning av video och ljud i naturen, storskalig analys av biologiska prover, och storskalig distansbaserad övervakning av organismer eller livsmiljöer.

Projektet fokuserar på att försöka reda ut populationsstrukturer bland arkaiska och moderna människor över tid. Dessa processer kommer att undersökas med hjälp av storskaliga populationsgenomiska data från både nutida och förhistoriska människor. Doktorandtjänsten är en del av SciLifeLab och Wallenbergs nationella program för datadriven livsvetenskap (DDLS). Den antagna doktoranden kommer att arbeta i Maximilian Larenas forskargrupp, med biträdande handledning av professor Mattias Jakobsson och professor Carina Schlebusch. Forskningsprogrammet består av ett internationellt team av forskare (seniora forskare, postdoktorer, doktorander och forskningsingenjörer) med olika expertisområden. Det är ett tvärvetenskapligt program med kompetens inom beräkningsbiologi, populationsgenomik och forntida DNA, och är kopplat till Vetenskapsrådets excellenscentrum för det mänskliga förflutna (https://centerforthehumanpast.se/). Forskningsmiljön är internationell med engelska som arbetsspråk. Se Larena-labbets webbplats för mer information och senaste publikationer: https://www.larenalab.com

Arbetsuppgifter
Doktorandprojektet kommer att fokusera på populationsgenetiska studier och analys av arkaiskt ursprung hos nutida och förhistoriska människor över hela världen. Arbetsuppgifterna innefattar storskaliga analyser av genomiska dataset från både nutida och förhistoriska individer för att dra slutsatser om demografisk historia, migrations- och admixturmönster samt signaler på anpassning. Projekten kommer att fokusera på beräkningsbaserad analys av arkaisk introgression och dess funktionella konsekvenser i olika populationer världen över. Det specifika projektet/projekten kommer att utformas i samråd med den antagna kandidaten.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• Avlagt examen på avancerad nivå inom molekylärbiologi/genetik, eller annan inriktning som arbetsgivaren bedömer som likvärdig eller
• Fullgjort minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• På något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi söker en person med god kunskap och erfarenhet inom bioinformatik, samt erfarenhet av att arbeta med mänsklig populationsgenomik. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper såsom:

• God analytisk förmåga, god samarbets- och kommunikations-förmåga.
• Förmåga att arbeta självständigt och ta egna initiativ.
• God planerings- och organisationsförmåga, ansvarstagande.
• God förmåga att uttrycka sig väl i tal och skrift på engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt
Erfarenhet av analys av storskaliga populationsgenomiska data från människor. Erfarenhet av att använda standardiserade verktyg för end-to-end-hantering av data från nästa generations sekvensering, från rådata till variantidentifiering (t.ex. GATK-pipeline). Erfarenhet av programmeringsspråk (t.ex. bash, Python och R). Erfarenhet av beräkningsanalys för att identifiera arkaisk härstamning i populationer. Erfarenhet av att analysera adaptiv arkaisk introgression samt att genomföra selektionsanalyser. Bekantskap med AI-baserade verktyg för prediktion av varianters funktionella effekt. God kunskap om människans förhistoria och evolution. Goda kunskaper i statistik. Utbildning inom bioinformatik, genomik eller molekylärgenetik är meriterande.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen och varför du vill doktorera, 2) en kort beskrivning av din utbildning, särskilt i populationsgenetik/genomik, statistik, bioinformatik och andra relaterade områden, 3) en CV, 4) en kopia av din masterexamen, 5) namn och kontaktuppgifter (adress, epostadress och telefonnummer) till minst två referenspersoner, 6) relevanta publikationer (inklusive masteruppsats). Ansökan bör skrivas på engelska.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde 1 oktober 2025 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av:  Dr. Maximilian Larena, +46 18-471 2624, maximilian.larena@ebc.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 15 May 2025, UFV-PA 2025/1166.