Forskningsassistent inom multiomics, till molekylär precisionsmedicin

Institutionen för medicinska vetenskaper (IMV) är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 900 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se

Är du intresserad av att arbeta i ett av världens snabbast växande teknologiområden? Vi söker nu en driven forskningsassistent till forskargruppen för molekylär precisionsmedicin vid Institutionen för medicinska vetenskaper, Uppsala universitet.

Forskargruppen är verksam vid Biomedicinskt Centrum (BMC) och fokuserar på att studera sjukdomar med hjälp av storskaliga genetiska metoder. Genom nära samarbeten med kliniska forskare vid Akademiska sjukhuset i Uppsala har vi tillgång till unika provsamlingar och klinisk patientinformation. Vi samarbetar även med den nationella infrastrukturen för genomik vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab), vilket ger oss tillgång till nästa generationens sekvenseringsteknologi. Läs mer om oss här: Molecular Precision Medicine Group.

Vi erbjuder en unik möjlighet att vara en del av ett framstående forskarteam inom molekylär precisionsmedicin. Här får du arbeta i nära samarbete med experter inom genetik, bioinformatik och klinisk forskning för att bidra till framtidens medicinska lösningar.

Arbetsuppgifter
Det aktuella projektet handlar om att utveckla en Shiny-app och omfattar följande:

• Bearbeta data från storskaliga sekvensinstrument och mikroarrayer
• Utföra kvalitetskontroll och primära bioinformatiska analyser
• Dataanalys med hjälp av R. Utveckling och implementering av en Shiny-app.

Kvalifikationskrav
Vi söker dig som har:

• Universitetsexamen inom bioinformatik, molekylärbiologi, bioteknologi eller liknande områden, eller motsvarande kvalifikationer genom kurser och erfarenhet
• Mycket god datorvana
• Erfarenhet av programmering i Python 
• Erfarenhet av dataanalys med hjälp av R och dess paket
• Dokumenterad erfarenhet av utvecklilng av Shiny-apps
• Vana vid arbete i Linux/Unix-miljö 
• Erfarenhet av versionshantering med GitHub
• Erfarenhet av Multi-Omics dataintegration med verktyg som MOFA
• Förmåga att snabbt lära sig nya färdigheter
• Mycket goda kunskaper i engelska i både tal och skrift

Meriterande
Det är en fördel om du även har:

• Erfarenhet av shell-skriptning i Linuxmiljö
• Erfarenhet av arbete med datorkluster för storskaliga beräkningar eller dataanalys
• Erfarenhet av att analysera data från storskalig sekvensering (t.ex. helgenom, exom eller RNA-seq) och kunskap om teknologier som Illumina, PacBio, eller ONT
•  Goda kunskaper i svenska, både i tal och skrift.

Om anställningen 
Anställningen är tidsbegränsad, fram till 31 maj 2025 Omfattningen är heltid. Tillträde enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Jessica Nordlund, Forskargruppsledare, jessica.nordlund@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 4 februari 2025, UFV-PA 2025/155