Bioinformatiker inom pipelineutveckling

Vill du arbeta med pipelineutveckling inom bioinformatik, med stöd av kompetenta och trevliga kollegor i en internationell miljö? Vill du ha en arbetsgivare som satsar på ett hållbart medarbetarskap och erbjuder trygga, förmånliga arbetsvillkor? Välkommen att söka anställning som bioinformatiker inom pipelineutveckling på Uppsala universitet.

National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS) (nbis.se) främjar livsvetenskaplig forskning i Sverige genom att erbjuda expertstöd och utveckla avancerad bioinformatikinfrastruktur. Som en nationell satsning sysselsätter NBIS mer än 120 bioinformatiker, systemutvecklare och datahanteringsexperter på flera lärosäten i Sverige. NBIS utgör också bioinformatikplattformen på SciLifeLab, en nationell resurs som möjliggör forskning inom molekylära biosciences genom att tillhandahålla toppmoderna teknologier och teknisk expertis. Med starka band till datagenererande faciliteter och pågående samarbeten med ledande forskargrupper har NBIS enastående möjligheter att erbjuda bioinformatiska analyser av högsta klass. NBIS utgör också den svenska noden i ELIXIR, den europeiska infrastrukturen för biologisk information.

NBIS söker nu en erfaren bioinformatiker för att stödja både svenska och internationella projekt. Som en del av vårt dynamiska team kommer du att arbeta nära forskare för att analysera storskaliga biologiska data och bidra till att utveckla vår infrastruktur för bioinformatik. God problemlösningsförmåga, noggrannhet och förmåga att felsöka komplexa bioinformatik-pipelines är viktiga egenskaper i denna roll. Flexibilitet och en vilja att lära sig är också viktigt, eftersom NBIS forskningsstöd kontinuerligt behöver anpassas till aktuella behov inom det svenska forskarsamhället.

Tjänsten är placerad vid Uppsala universitet på ICM (Institutionen för Cell- och molekylärbiologi), inom den kreativa miljön vid SciLifeLab Uppsala-noden, "The Hub", där över 50 NBIS-bioinformatiker, utvecklare och datahanteringsexperter arbetar tillsammans med andra SciLifeLab-faciliteter och forskargrupper. Hos NBIS kommer du att vara en del av ett team, med goda möjligheter att bolla idéer, lära sig av kollegor och växa i din yrkesroll genom interna kurser och spännande projekt.

Arbetsuppgifter
Dina arbetsuppgifter omfattar framförallt stöd till olika forskningsprojekt, fokuserat på utveckling av bioinformatik-pipelines. Detta innebär utveckling, implementering och optimering av bioinformatik-pipelines med hjälp av Nextflow för att analysera storskaliga biologiska data, såsom sekvensdata, masspektrometridata eller uttrycksdata. Du kommer att ansvara för att underhålla och förbättra befintliga pipelines, och se till att de uppfyller krav på prestanda, skalbarhet och reproducerbarhet. Dessutom förväntas du skriva tydlig, effektiv och väldokumenterad kod för att stödja reproducerbar dataanalys. Slutligen kommer du att bidra till publicering av vetenskapliga resultat och dela dina arbetsflöden genom publika arkiv såsom GitHub. Andra typer av bioinformatiska analyser kan också förekomma, beroende på vilka projekt vi får in och dina kompetensområden, även om ditt arbete troligen kommer fokusera på pipeline-utveckling i stort. NBIS har också en stor kurskatalog och du kommer ha möjlighet att undervisa på avancerad nivå (doktorandnivå och uppåt).

Kvalifikationskrav

• Doktorsexamen i bioinformatik, beräkningsbiologi, datavetenskap eller ett relaterat område eller motsvarande yrkeserfarenhet (> 5 år) inom bioinformatik.
• Färdighet i att utveckla pipelines i Nextflow (föredras) eller Snakemake, bevisad genom egenutvecklade pipelines tillgängliga på kodarkiv (t.ex. GitHub/GitLab/Bitbucket…; vänligen ange en länk till ditt kodarkiv som bevis på din expertis). Detta inkluderar förmåga att skriva, optimera och felsöka komplexa pipelines för storskaliga biologiska data.
• Praktisk erfarenhet av vanliga bioinformatikverktyg.
• Erfarenhet av att arbeta i Unix/Linux-miljöer och med högpresterande datorsystem (HPC) (t.ex. SLURM etc.).
• Mycket god kommunikationsförmåga i både skrift och tal på engelska, samt förmåga att samarbeta med forskare från olika bakgrunder.
• Betydelse kommer att läggas vid personlig lämplighet för tjänsten, som förmåga att driva projekt och arbeta i en samarbetsinriktad, men serviceinriktad miljö.
• En vilja att lära sig nya metoder och förmåga att skaffa sig nya färdigheter är ett krav för denna tjänst. 

Önskvärt/meriterande i övrigt

• Erfarenhet av verktyg och teknologier som främjar reproducerbarhet, såsom containrar (t.ex. Docker, Singularity).
• God förståelse för vanliga bioinformatikdataformat och arbetsflöden.
• Erfarenhet av att utveckla pipelines enligt nf-core-standard.
• Goda kunskaper i R eller skriptspråk som Python anses vara meriterande.
• Tidigare erfarenhet av att arbeta i en supportfunktion är också fördelaktigt.
• Erfarenhet av GitHub, distribuerad versionskontroll och kodgranskning. 

Om anställningen
Anställningen är tillsvidare, provanställning kan komma att tillämpas. Omfattning är heltid. Tillträde så snart som möjligt eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Upplysningar om anställningen lämnas av: Chef Dr. Lucile Soler, lucile.soler@nbis.se

Välkommen med din ansökan senast den 20 januari 2025, UFV-PA 2024/4256.