Doktorand i evolutionär genomik

Institutionen för ekologi och genetik är en internationell miljö med personal och studenter från hela världen.  Vår forskning omfattar allt från evolutionär ekologi och genetik till studier av ekosystem. Se vidare www.ieg.uu.se.

Vi söker nu en doktorand i evolutionär genomik, med specifikt fokus på dold svampdiversitet, till programmet för ekologi och genetik. Projektet leds av Dr. Anna Rosling. Doktorandtjänsten är fullt finansierad i 4 år.

Projektbeskrivning
Globala uppskattningar tyder på att mindre än 5% av svamparnas mångfald är beskrivna, främst för att majoriteten av de upp till 5 miljoner svamparter på antas finnas på jorden inte har synliga fruktkroppar och inte enkelt kan odlas med etablerade metoder. Eftersom majoriteten av dessa dolda arter inte följer etablerade protokoll för artigenkänning, saknas namn för att effektivt kommunicera om majoriteten av alla svamparter. Ofta ser vi att dessa okända arter förekommer i prover där artsamhället kartläggs med miljö-DNA (eDNA). Det föreslagna projektet använder artshypoteser baserade på eDNA data för riktad högupplöst mikroskopi och encellsgenomik för att studera evolution och livscykeldynamik hos hittills beskrivna svamparter och släkten.

Vi söker en doktorand som ska studera svamparnas dolda mångfald. Projektet fokuserar på Urrotsvampar (Archaeorhizomycetes), som baserat på eDNA-data är en artrik och rikligt förekommande klass av mark- och rotassocierade svampar. Projektet syftar till att bidra med viktig grundläggande förståelse för artdiversitet och genomevolution i denna vanliga men till största del okända grupp av svampar. Projektet är även konceptuellt viktigt för utveckling av protokoll för modern svamptaxonomi där eDNA är en viktig datakälla för artupptäckt och igenkänning.

Arbetsuppgifter
Doktoranden förväntas utföra fältarbete, förbereda jordprover för sortering av celler, förbereda och sköta axeniska kulturer samt utföra molekylärt laboratoriearbete för att förbereda prover för sekvensering med moderna NGS-teknologier. I projektet ingår att generera eDNA data från jord och rot prover, sekvensera genom, metodutveckling för att extrahera enskilda celler från jord och visualisera dem med avancerad mikroskopi. Studenten förväntas lära sig att analysera sekvensdata och bilder, skriva vetenskapliga artiklar och en avhandling samt ta kurser relevanta för forskningsprojektet.

Doktorander vid IEG uppmuntras att delta i undervisning. Nivåer och innehåll i undervisningen beror på tillgängligheten av undervisningsuppdrag och studentens intressen, men kommer generellt inte att överstiga 20% av en heltidsanställning och består huvudsakligen av undervisningsassistens i olika grundkurser som erbjuds av biologiavdelningen. Undervisning lägger till extra tid till deras kontrakt.

Kvalifikationskrav
Behörig till utbildning på forskarnivå är den som har

• avlagt examen på avancerad nivå inom evolutionär biologi, genetik, mikrobiell ekologi, systematisk biologi, mykologi, bioinformatik eller annat relevant område, eller
• fullgjort minst 240 högskolepoäng varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå inklusive ett självständigt arbete om minst 15 högskolepoäng, eller
• på något annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Vi fäster stor vikt vid personliga egenskaper såsom nyfikenhet och driv för kontinuerligt lärande och problemlösning, vetenskaplig mognad, uthållighet, förmåga att ta initiativ och arbeta både självständigt och i grupp. Kandidater måste kunna uttrycka sig mycket väl på engelska, både muntligt och skriftligt.

Meriterande
Kännedom om svampar och/eller mark- och rotassocierade mikrobiella symbionter är fördelaktig. Erfarenhet av molekylärt laboratoriearbete, bioinformatiska analyser och avancerad mikroskopi är meriterande.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad, enligt HF 5 kap § 7. Omfattningen är heltid. Tillträde snarast möjligt, efter överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap §§ 1-7 samt i universitetets regler och riktlinjer.

Upplysningar om anställningen lämnas av
Anna Rosling, anna.rosling@ebc.uu.se, +46 18 471 64 44.

Instruktioner för ansökan
Ansökan ska innehålla 1) ett brev som beskriver dig själv, dina forskningsintressen, varför du vill doktorera och varför just du är lämplig för tjänsten, 2) ditt CV, 3) en kort beskrivning av din utbildning, 4) en kopia av din masterexamen och dina kursbetyg samt en kopia av din masteruppsats 5) namn och kontaktuppgifter till minst två referenspersoner (e-postadress och telefonnummer), och 6) eventuella publikationer. Ansökan bör skrivas på engelska.

Välkommen med din ansökan senast den 30 augusti 2024. UFV-PA 2024/2096.