Forskningsassistent fylogenetisk analys - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för medicinska vetenskaper är en stor klinisk institution med ca 250 anställda och över 300 personer som är anknutna via Akademiska Sjukhuset. Institutionen har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inom en rad områden. Forskningen äger rum i nära anslutning till den kliniska verksamheten vid Akademiska sjukhuset och omfattar såväl grundläggande studier kring sjukdomsorsaker som utveckling och utvärdering av förbättrad diagnostik och nya behandlingsmetoder. Mer om institutionens verksamhet finns på www.medsci.uu.se.

Projektbeskrivning/Arbetsuppgifter: Du kommer att ingå i ett projekt som fokuserar på fylogenetisk analys av bakterien Campylobacter hos vilda fåglar. Specifikt kommer du att undersöka släktskap mellan C. jejuni från utegående kycklingar och de från vilda fåglar för att studera spridningsmönster av bakterien mellan arter. Du kommer även att jobba med fylogenetisk analys av det operon som styr uttryck av lipooligosaccharider (LOS) på bakteriens yta för att undersöka hur det varierar med värdart för bakterien. Du kommer dessutom att jobba med mikrobiologisk och fylogenetisk analys av bakterien C. subantarcticus.

Kvalifikationskrav: Masterexamen inom biologi eller motsvarande. För arbetet krävs goda kunskaper inom sekvenshantering och fylogenetisk analys och god erfarenhet av programvara och databaser för detta såsom, Prokka, Roary och RAxML och databasen Bacterial Isolate Genome Sequence database (BIGSdb). Utöver detta krävs även goda kunskaper i UNIX för hantering av skript och effektiv länkning av analyser. Projektet innebär odling, DNA extraktion och sekvensering av C. subantarcticus varför vana vid mikrobiologiskt arbete med Campylobacter är ett krav.  Du skall även sammanställa ditt arbete i ett antal forskningsrapporter och därför krävs goda teoretiska bakgrundskunskaper om Campylobacter i allmänhet och C. jejuni och C. subantarcticus i synnerhet, samt god förmåga att skriva vetenskaplig text på engelska.

Detta projekt kommer ske i tätt samarbete med projektledaren och därför fästes stor vikt vid personliga kvalifikationer såsom samarbetsförmåga, flexibilitet och kommunikation.

Meriterande i övrigt: Då den fylogenetiska analysen av Campylobacter kommer att kopplas till fåglar som värdart och deras fysiologi och ekologi, är goda kunskaper om vilda fåglar starkt meriterande. Meriterande är även vana vid arbete med C. subantarcticus.

Lön: Individuell lönesättning tillämpas

Tillträde: Enligt överenskommelse

Anställningsform: Tidsbegränsad anställning t.o.m. 2020-10-21

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar om anställningen lämnas av: Docent Patrik Ellström. Patrik.ellstrom@medsci.uu.se

Välkommen med din ansökan senast den 4 maj, 2020, UFV-PA 2020/1440.