Doktorandplats i beräkningsbaserad genomik - Under tillsättning eller tillsatt, ej sökbar

Institutionen för Medicinsk Biokemi och Mikrobiologi (IMBIM) vid Uppsala Universitet utgör en bred internationell miljö för forskning och undervisning. Institutionens forskning bedrivs inom tre samverkande och delvis integrerade sektioner; cancer, infektioner och försvar samt genetik och genomik. En närmare beskrivning finns på http://www.imbim.uu.se/forskningsomraden/

Doktorandtjänsten är knuten till en forskargrupp som fokuserar på studier av komplexa egenskapers genetik, och särskilt icke additivt arv. Forskningen är tvärvetenskaplig och inkluderar utveckling av nya genetiska modeller, statistiska metoder och bioinformatiska verktyg för att studera experimentella data från ett stort antal arter inkluderande jäst, växter och husdjur. Denna nya doktorand kommer att ha en viktig roll i både utveckling av nya analysmetoder och analyser av experimentella data, så ett djupt intresse av både genetik, informatik och tvärvetenskap är av största vikt.

Projektsammanfattning och arbetsuppgifter: Virginia lines är en hönspopulation som består av två selektionslinjer. Dessa har under 60 år avlats fram för hög respektive låg kroppsvikt vid 8 veckors ålder. Detta är en unik modell för att studera de genetiska mekanismer som gjort det möjligt att utifrån en gemensam baspopulation avla fram hönor som idag skiljer sig mer än 15 gånger i kroppsvikt. Tidigare genetiska studier av populationen har visat att många regioner i arvsmassan bidrar till selektionsframstegen och att varje region endast har en liten effekt. Pågående studier visar att de flesta av dessa regioner är komplexa: några innehåller flera mutationer och andra är beroende av samverkan för att visa sina effekter. I detta doktorandprojekt kommer dessa regioner att studeras i detalj för att kartlägga hur de bidragit till selektionsframstegen. Detta kommer göras genom att utveckla och använda nya analytiska metoder för att studera kopplingen mellan genetiska varianter i dessa regioner och kroppsvikt, samt genom att utföra populationsgenetiska studier för att härleda möjliga historiska och framtida bidrag från dessa regioner till selektionsframstegen. En central resurs i detta arbete är en population av ca 4000 besläktade hönor för vilka tillväxten mätts och hela arvsmassan kartlagts med helgenomsekvensning.

Kvalifikationer: MSc i Bioinformatik, Statistik, Beräkningsbiologi, Kvantitativ/Populations/Evolutionär genetik eller motsvarande är ett krav. Om examen inte är slutförd vid ansökningstidens utgång skall det indikeras när den beräknas vara det.

Givet projektets natur är det meriterande att ha god kunskap och praktisk erfarenhet av arbete både inom informatik och genetik. Detta kan till exempel vara tidigare forskningserfarenhet inom området.

Personen vi söker skall ha akademisk grundexamen på magisternivå eller motsvarande inom bioinformatik, statistik, beräkningsbiologi, kvantitativ/populations/evolutionär genetik, eller annat relevant ämne. Ett stort intresse av, och goda förkunskaper i, både genetik och informatik är viktigt och eftersom storskalig databehandling är en central del i det dagliga arbetet är kunskap i programmering i tex R, C++, Fortran, Perl, Python eller Java nödvändig. För studenter med bakgrund inom matematik/statistik/datavetenskap är kompletterande studier/erfarenhet av genetik/genomik meriterande. För studenter med examen i genetik/genomik/biologi är kompletterande studier/erfarenhet av matematik/statistik/datavetenskap meriterande. God muntlig och skriftlig färdighet i engelska krävs.

Bedömning sker enligt följande kriterier: uppfyllande av behörighetskrav, betyg på kurser, hur väl kurserna passar projektet, samt tidigare erfarenhet av arbete och/eller forskning inom områden som relaterar till projektet enligt beskrivningen ovan. En sammantagen bedömning görs för att anställa den person som anses mest lämpad att klara doktorandstudierna och bidra till en positiv utveckling av programmet.

För anställning som doktorand krävs att innehavaren är antagen eller kommer att antas till forskarutbildning, där graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning är avgörande. Information om utbildning på forskarnivå, behörighetskrav och antagningsbestämmelser finner du på http://www2.medfarm.uu.se/utbildning/forskarniva/. Studietiden (på heltid) är maximalt fyra år. Bestämmelser för doktorander återfinns i Högskoleförordningen 5 kap 1-7 §§.

Innehavare av doktorandanställning skall främst ägna sig åt egen forskarutbildning. Övrig tjänstgöring vid institutionen, som avser utbildning och administrativt arbete, kan ingå inom ramen för anställningen (max 20%).

Uppsala universitet värdesätter de kvaliteter som jämn könsfördelning och mångfald tillför verksamheten. Vi ser därför gärna sökande av alla kön och med olika födelsebakgrund, funktionalitet och livserfarenhet.

Ansökan mottages via Uppsala Universitets ansökningsportal och förväntas innehålla CV, relevanta publikationer (artiklar, examensarbeten eller liknande), ett personligt brev där du beskriver dig själv och dina kunskaper och forskningsintresse, namn och e-post/tel.nr. till två referenspersoner.

Lön: Enligt lokalt avtal (Lokalt kollektivavtal för doktorander).

Tillträde: Snarast eller enligt överenskommelse.

Anställningens omfattning: 100 %

Upplysningar: kontakta professor Örjan Carlborg, orjan.carlborg@imbim.uu.se, tel: 018-4714592.

Välkommen med din ansökan senast den 1 oktober 2019, UFV-PA 2019/3177.